链接动态和静态库RCPP

问题描述：

我在使用静态库和动态库链接的过程，但是，我碰到这个错误：链接动态和静态库RCPP

/usr/bin/ld: ../src/SeqLib/bin//libseqlib.a(libseqlib_a-FermiAssembler.o): relocation R_X86_64_32S against `_ZNSs4_Rep20_S_empty_rep_storageE' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC

这里是我的Makevars文件看起来像：

(cd SeqLib; ./configure --enable-shared; make) 
PKG_CPPFLAGS= -I../src/SeqLib/ -I../src/SeqLib/fermi-lite/ -I../src/SeqLib/htslib/cram/ -I../src/SeqLib/htslib/htslib/ -I../src/SeqLib/htslib/ -I../src/SeqLib/bwa/ 
PKG_LIBS=-fPIC -enable-shared-lib -L../src/SeqLib/bin/ -lbwa -lfml -lhts -lseqlib

我不明白为什么当我在PKG_LIBS变量中包含-fPIC选项时出现此错误。

你的问题有没有关系RCPP，真的，但表示存在问题，你正在创建一个可用的R包（考虑到你自己施加的限制）。一个十几年来一直在做这件事的oldie-but-goldie是Matrix软件包，它的[src/Makevars]（https://github.com/cran/Matrix/blob/master/src/Makevars）可能会帮助你您。 –

@DirkEddelbuettel“你的问题与Rcpp无关，”为了其他读者，你怎么知道这一点？这是什么意思？在devtools :: load_all（）后，错误状态为“用-fPIC重新编译”，即使包含此标志。这看起来像一个Rcpp问题：http：// stackoverflow。com/questions/21094740/linking-rcpp-to-interp2d-gsl-type-library – EB2127

如何设置'src/Makevars'与使用编译代码的R包相关。对于Rcpp，我们只是使用标准的R构建工具和说明，这就是您遇到的问题。并且很简单：错误信息来自编译器，您用来驱动它的工具可能是'devtools'。再次，没有Rcpp在这里。 –

答

-fPIC是仅编译标志。如果在链接时包含它，编译器会对此提出投诉。如果您正在使用Makefile编译项目（您未包括如何使用问题中引用的变量），最好的方法是在PKG_CFLAGS中定义-fPIC，以防您的项目仅包含共享对象目标。我不知道Makevars的情况，但可能后续的讨论会给你一些关于如何解决你的问题的提示。

如果你正在构建的程序和共享库，最好的办法是定义一个新的.SUFFIXES依赖（姑且称之为.pic_o），并定义一个名为PKG_SHAREDCFLAGS=-fPIC变量，然后包括一个规则来编译这些依赖，因为这片断所示：

PKG_SHAREDCPPFLAGS = -fPIC 
.SUFFIXES: .pic_o 
.c.pic_o: 
    $(CPP) $(PKG_CPPFLAGS) $(PKG_SHAREDCPPFLAGS) -c [email protected] -o $< 

libshared.so_objs = a.pic_o b.pic_o c.pic_o 
libshared.so: $(libshared.so_objs) 
    $(CPP) $(PKG_LDFLAGS) $(LDFLAGS) -o [email protected] $(libshared.so_objs) $(libshared.so_libs)

.pic_o是.o文件与PIC标志编译（又名P osition 我 ndependent ç ODE）这是需要用于将要成为共享对象的一部分的对象文件。

将所有代码编译为-fPIC并不危险，因为链接器将PIC文件静态链接到代码中没有问题（位置独立文件只会在程序中引入一点开销，因为编译器会保留一个偏移寄存器控制库的最终加载位置，这样可以减少一个寄存器的使用）引入新的.pic_o后缀将允许生成静态和动态版本的库，因此静态版本只链接编译时没有编译的对象-fPIC动态的使用PIC。假设您有一个库，由a.c,b.cc.c文件组成，并且您想从它们生成动态库和静态库。下面的方法将成功：

# All the targets. 
targets=libA.a libA.so.3.0 
TOCLEAN += $(targets) 

# object files of the libA.a static library. 
libA.a_objs = a.o b.o c.o 
TOCLEAN += $(libA.a_objs) 

# object files of the libA.so.3.0 dynamic library. 
libA.so.3.0_objs = a.pic_o b.pic_o c.pic_o 
TOCLEAN += $(libA.so.3.0_objs) 
libA.so.3.0_libs = -lc 

all: $(targets) 
clean: 
    rm -f $(TOCLEAN) 

.PHONY: all 
.SUFFIXES: .pic_o 

libA.a: $(libA.a_objs) 
    $(AR) -r [email protected] $? 
    $(RANLIB) [email protected] 

.c.pic_o: 
    $(CC) $(CFLAGS) -fPIC -c $< -o [email protected] 

libA.so.3.0: $(libA.so.3.0_objs) 
    $(LD) -shared $(libA.so.3.0_objs) $(libA.so.3.0_libs) -o [email protected]

和执行：

[email protected]:~/pru_19091$ make clean all 
rm -f libA.a libA.so.3.0 a.o b.o c.o a.pic_o b.pic_o c.pic_o 
cc -O2 -pipe -c a.c -o a.o 
cc -O2 -pipe -c b.c -o b.o 
cc -O2 -pipe -c c.c -o c.o 
ar -r libA.a a.o b.o c.o 
ar: warning: creating libA.a 
ranlib libA.a 
cc -O2 -pipe -fPIC -c a.c -o a.pic_o 
cc -O2 -pipe -fPIC -c b.c -o b.pic_o 
cc -O2 -pipe -fPIC -c c.c -o c.pic_o 
ld -shared a.pic_o b.pic_o c.pic_o -lc -o libA.so.3.0

想我碰文件b.c：

[email protected]:~/pru_19091$ touch b.c 
[email protected]:~/pru_19091$ make 
cc -O2 -pipe -c b.c -o b.o 
ar -r libA.a b.o 
ranlib libA.a 
cc -O2 -pipe -fPIC -c b.c -o b.pic_o 
ld -shared a.pic_o b.pic_o c.pic_o -lc -o libA.so.3.0

链接动态和静态库RCPP

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