从文本文件中写入文本文件python

Question

我有3个输出文件分别包含x，y，z坐标

file1.txt（仅包含x） file2（Y）| file3（Z）

2.113 
3.023 
-7.234 
... 

和一个包含坐标数据的父pdb文件。我只想从pdb文件中提取与来自file1，file2，file3的x，y，z坐标匹配的那些行。这些pdb文件行是;

ATOM 1 O5' G A 93 -12.706 19.299 0.129 1.00 0.00ö

黑体值将是我匹配的标准拷贝的整行。

1-我如何合并三个输出文件来创建一个文件，这个文件可以在一行中给我x，y，z坐标以与我的脚本一起工作。

final_file = [file1，file2，file3]？

2-我如何在匹配标准上提取点;

def read_convex_points(final_file,parent_pdb): 
    with open("output.txt","w") as f1: 
     with open(final_file) as f2: 
      with open(parent_pdb) as f3: 
       for line1 in f2: 
        for line2 in f3: 
         if line1 in line2: 
          f1.write(line2) 
    return    

final_file = "file1.txt" 
parent_pdb = "original.pdb" 
read_convex_points(final_file,parent_pdb) 

我写了功能类似的东西，但如果条件不工作。

Answer 1

下面是一种在Python中将多个文件粘贴在一起的方法。它可以处理任意数量的输入文件，但是像Peter的解决方案，如果这些文件具有不同数量的行，则会在最短文件用完行时停止。

输出文件中的字段由delimiter字符串分隔，默认情况下这是一个空格。

def paste(sources, dest, delimiter=' '): 
    fsrc = [open(fname, 'r') for fname in sources] 
    fdest = open(dest, 'w') 
    for t in zip(*fsrc): 
     outline = delimiter.join([line.strip() for line in t]) + '\n' 
     fdest.write(outline) 
    for f in fsrc: 
     f.close() 
    fdest.close() 


paste(('file1', 'file2', 'file3'), 'final_file') 

Answer 2

您可以合并的文件是这样的：

def merge(paths): 
    with open(paths[0]) as f1, open(paths[1]) as f2, open(paths[2]) as f3: 
     try: 
      yield next(f1), next(f2), next(f3) 
     except StopIteration: 
      return 

for x, y, z in merge((file1, file2, file3)): 
    # check if matching 

需要注意的是这个假设文件是​​等长的，所以它会停止它遇到最短文件的时刻。这可能是可以接受的。