将参数传递给perl脚本执行槽qsub

问题描述：

嗨想要传递一个参数给我的perl脚本，应该通过qsub执行。于是我运行：将参数传递给perl脚本执行槽qsub

qsub -l nodes=node01 -v "i=500" Test.pl

虽然Test.pl我试着打电话给我分几路参数：

use Getopt::Long; 
$result = GetOptions ("i" => \$num); 
open(FILE,">/data/home/FILEout.txt"); 
    print FILE "$num\n";    
    print FILE "$ARGV[0]";  
close(FILE);

可惜的是Perl脚本的输出文件总是空的。

你有什么建议吗？我错在哪里？请帮助

这个'Test.pl'的输出是什么：'use Data :: Dumper;打开（$ FH，“>/data/home/FILEout.txt”）或者死掉$ !;本地$ Data :: Dumper :: Terse = 1;本地$ Data :: Dumper :: Indent = 0; print（$ FH Dumper（\ @ ARGV），“\ n”）; print（$ FH join（'，'，keys（％ENV）），“\ n”）;'？ – ikegami 2013-03-28 12:13:53

@ikegami我真的很感谢你的帮助。 Test.pl的输出如下：'PBS_NODEFILE，PBS_O_SHELL，PBS_O_SYSTEM，SSH_ASKPASS，PBS_O_WORKDIR，PBS_O_LANG，PBS_O_MAIL，PBS_O_PATH，LESSOPEN，PBS_JOBCOOKIE，PWD，LANG，USER，PBS_O_HOST，G_BROKEN_FILENAMES，LOGNAME，PBS_JOBID，SHLVL，INPUTRC， PATH，PBS_ENVIRONMENT，PBS_O_QUEUE，OMP_NUM_THREADS，PBS_QUEUE，HISTSIZE，PBS_O_HOME，PBS_MOMPORT，HOME，MAIL，PBS_O_LOGNAME，TZ，PBS_NODENUM，PBS_TASKNUM，NCPUS，HOSTNAME，_，LS_COLORS，SHELL，PBS_JOBNAME，PBS_JOBDIR，TMPDIR， qsub -l nodes = node01 -v“i = 500”Test.pl' – desmo 2013-03-28 13:26:32

and @ARGV is empty – desmo 2013-03-28 13:36:46

答

根据所有文档，我可以找到-v设置一个环境var，所以你会使用$ENV{i}得到500。（检查自己的文档进行确认。）

如果你想真正的ARG传递给你的脚本，你可以尝试使用

qsub ... Test.pl -i=500

但基于我的网络搜索，这可能只是工作对于某些版本的qsub。其他人会要求你做一个辅助脚本（说Test.sh）

#!/bin/sh 
Test.pl "-i=$i"

与命令一起

qsub ... -v 'i=500' Test.sh

如果qsub ... Test.pl ...args...支持，你可以改变你的脚本，最简单的解决方法是

qsub ... Test.pl 500

and

my ($i) = @ARGV;

感谢您的帮助。我正在使用PBRProfessional 10.4。它不支持'qsub ... Test.pl -i = 500'，你怎么建议-v设置一个环境变量。所以我改变了我的脚本，并添加了'use Env;打印文件“$ ENV {i}”;'但没有任何改变。你知道为什么吗？ Thans再次 – desmo 2013-03-28 12:03:08

@desmo，不，我只有文档可以通过，我发现的所有文档都显示'-v'设置环境变量。（请注意'use Env;'在这里没有任何用处。）我为我的答案添加了一个替代解决方案（使用助手脚本），但它也假设'-v'设置了环境变量。 – ikegami 2013-03-28 12:08:26

答

我终于得到了与PBRProfessional 10.4一起使用的解决方案。

有两种方式来解决这个问题：

第一个是以下

echo "perl /path/to/Test.pl -i 500" | qsub -l nodes=node06

第二个是两个用

qsub -l nodes=node06 -v i=500 Test.pl

，并通过阅读在Test.pl参数$ ENV {i}

将参数传递给perl脚本执行槽qsub

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