从bash脚本运行带有参数的R档

Question

可能重复：
How can I read command line parameters from an R script?从bash脚本运行带有参数的R档

我有A R脚本，我想为其能够提供几个命令行参数（而不是代码本身的硬编​​码参数值）。该脚本在Linux上运行。

我不知道如何在命令行Bash上读取R.script。

SH文件

cd `dirname $0` 
/usr/lib64/R/bin/R --vanilla --slave "--args input='$1' input2='$2' output='$3'" file=/home/lvijfhuizen/galaxy_dist/tools/lisanne/partone.R $3.txt 

R档

args <- commandArgs() 
file <- read.csv(args[8],head=TRUE,sep="\t") 
annfile <- read.csv(args[9],head=TRUE,sep="\t") 

Answer 1

要源从命令行A R脚本，通过管道将它与< R上。

例如，如果我创建以下test.sh bash脚本：

#!/bin/bash 

rfile=$1 
shift 
R --vanilla --slave --args $* < $rfile 
exit 0 

其中test.R是在相同的目录中的下述R脚本：

print(commandArgs(trailingOnly=TRUE)) 

然后运行该脚本与test.R作为第一论点和可能其他人会给这样的事情：

$ ./test.sh test.R foo bar 1 2 3 
[1] "foo" "bar" "1" "2" "3" 

编辑：另一种方式，也许更干净，就是使用专用的Rscript命令。然后，你可以直接把你的bash脚本，如：

rfile=$1 
shift 
Rscript $rfile $* 

这应该给出相同的结果。