非法参考AWK数组（我有麻烦搞清楚AWK）

问题描述：

cat gatk_probes.interval_list | 
awk ' 
BEGIN{ 
    OFS="\t"; 
    print "#CHR\tBP1\tBP2\tID" 
} 
{ 
    split($1,a,":"); 
    chr=a[1]; 
    if (match(chr,"chr")==0) { 
     chr="chr"chr 
    } 
    split(a[2],b,"-"); 
    bp1=b[1]; 
    bp2=bp1; 
    if (length(b) > 1) { 
     bp2=b[2] 
    } 
    print chr,bp1,bp2,NR 
}' > ./EXOME.targets.reg

我收到错误：

awk: line 1: illegal reference to array b

有明显的错误？

如果您包含一些样本输入和所需的输出，回答这些问题总是更容易。所有你需要做的是[编辑]（http://stackoverflow.com/posts/14720898/edit）你的问题。 – Steve

UUOC。改掉'cat'并使用'awk'...'gatk_probes.interval_list> EXOME.targets.reg'来代替。 –

答

length(b)搞砸了你，显然不是每个awk的实现都支持它。您可以这样做：

BEGIN 
{ 
    OFS="\t"; 
    print "#CHR\tBP1\tBP2\tID" 
} 
{ 
    split($1,a,":"); 
    chr=a[1]; 
    if (match(chr,"chr")==0) 
    { 
     chr="chr"chr 
    } 
    blength = split(a[2],b,"-"); 
    bp1=b[1]; 
    bp2=bp1; 
    if (blength > 1) 
    { 
     bp2=b[2] 
    } 
    print chr,bp1,bp2,NR 
}

split返回数组中元素的数量（在本例中为b）。

+1。是的，length（array）是一个gawk扩展，并且如你所示，它是不必要的，因为split（string，array，re）返回数组中元素的个数。你可以摆脱虚假的尾随分号。 –

谢谢你，工作正常 – user1340048

非法参考AWK数组（我有麻烦搞清楚AWK）

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