逐行比较只返回每第二行

Question

所以我想写一个脚本比较一个文件的每一行与其对应的文件2行（文件1的第1行与文件2的第1行，等等），以特定方式更改文件1的内容，然后返回此行。到目前为止编译的代码我是这样的：

#!/usr/bin/perl 
# alleles.pl 
use strict; use warnings; 
use List::MoreUtils qw(uniq); 

open my $AL, '<', shift or die $!; 
open my $HMP, '<', shift or die $!; 

<$AL>; # skip header 
print scalar <$HMP>; # print header 

while (<$AL>, <$HMP>) { 
    my @HMP_columns = split (/\t/, <$HMP>); 
    my @AL_columns = split (/\t/, <$AL>); 
    shift @AL_columns for 0..4; 
    my @uniq_AL_columns = uniq(@AL_columns); # only keep unique values in new array 
    for (my $i = 11; $i < scalar(@HMP_columns); $i++) { # for every column (starting from column 12) 
    if ($HMP_columns[$i] == "1") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[0]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "2") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[1]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "3") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[2]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "4") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[3]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "5") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[4]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "6") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[5]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "7") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[6]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "8") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[7]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "9") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[8]} 
    } 
    my $joined_HMP = join ("\t", @HMP_columns); # get back to tab separated lines 
    print "$joined_HMP\n"; 
} 

线的格式化工作，我希望它的工作方式，但是，剧本似乎只对输入图像的每2线工作，或者至少只返回每第二行。我试图以许多不同的方式启动while循环，并尝试了很多其他的东西，比如在while循环之外启动数组，但没有任何效果。任何人都可以告诉我脚本中哪里出错了吗？ （顺便说一句，我知道风格并不漂亮，所以如果你们中的任何人对如何使这个脚本更加紧凑​​有一些建议，请随时这样做！我想学习毕竟。）

Answer 1

你忽略在while声明中提取行并在split中提取另一行。

下面请找到固定代码。当AL的线路多于HNP时，它不能检测到情况。

while (<$HMP>) { 
    my @HMP_columns = split (/\t/, $_); 
    if(not defined($_ = <$AL>)) { 
    die "HMP longer than AL"; 
    } 
    my @AL_columns = split (/\t/, $_); 

Answer 2

在每个循环中，您从每个文件读取两次。一旦进入while状态条件，并且一次进入while状态。

替换您同时符合：

use IO::Handle; 
while (!($HMP->eof() or $AL->eof()) { 

这将导致病情的同时，如果任一文件达到最终失败。 如果文件有可能具有不同的长度，可以在while循环之后检查哪个文件没有达到eof。

Answer 3

几个简单的诀窍：

只要你有非常类似的重复的代码行，这是有可能做的事情更经济的方式的标志。例如，下面的代码：

for (my $i = 11; $i < scalar(@HMP_columns); $i++) { # for every column (starting from column 12) 
    if ($HMP_columns[$i] == "1") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[0]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "2") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[1]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "3") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[2]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "4") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[3]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "5") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[4]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "6") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[5]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "7") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[6]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "8") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[7]} 
    elsif ($HMP_columns[$i] == "9") {$HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[8]} 
} 

可重构 - 的$HMP_columns[$i]新值$uniq_AL_columns[ $HMP_columns[$i-1] ]，因此整个块可以被改写为

for (my $i = 11; $i < scalar(@HMP_columns); $i++) { 
    $HMP_columns[$i] = $uniq_AL_columns[$HMP_columns[$i-1]]; 
} 

如果你正在处理阵列中，splice function对于进行各种操作非常方便 - 从数组中删除元素，用其他元素替换它们等等。 shift @AL_columns for 0..4可写为splice(@AL_columns, 0, 5);（即，从元素0开始从@AL_columns中移除5个元素）。

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