使用命令行参数并行运行多个R脚本

问题描述：

我有一个R脚本可以在一条染色体上执行分析。我想为每个染色体重复运行此脚本（1-22，X和Y）。现在我已经设置了脚本来接受命令行中的一个参数，染色体编号。我想同时向我的服务器提交多个作业，因为一个染色体的分析需要几个小时。在玩弄了一些选项并搜索了所有内容之后，我仍然不确定最佳选择是什么，因为我从未将任务并入服务器（Sun Grid Engine服务器）。我看着GNU parallel，但我不确定如何使用它，或者它甚至运行R脚本。也许把所有东西都放在shell脚本中并提交给服务器？这是一个非常基本的问题，但任何方向将不胜感激！使用命令行参数并行运行多个R脚本

你读过https://www.biostars.org/p/63816/ pi.dk/1 pi.dk/4 – 2014-11-06 19:35:15

显示你现在怎么办的代码示例。 – 2014-11-06 19:36:26

是的，我现在实际上已经打开了这个窗口。那么这种方法将与R脚本一起工作？现在我没有任何东西我只知道我可以使用'Rscript plot_LRR_BAF_chromosome_parallel ' – kinsigne 2014-11-06 19:45:28

答

parallel Rscript plot_LRR_BAF_chromosome_parallel ::: {1..22} X Y

从命令行调用此命令似乎正常工作。我试图将它提交给服务器，但是当我从.sh脚本中或直接从'qsub 并行Rscript plot_LRR_BAF_chromosome_parallel ::: {1..22} XY'调用它时，它说'无法读取脚本文件由于错误：打开并行的错误：没有这样的文件或目录。有任何想法吗？ – kinsigne 2014-11-06 22:32:31

显示通常情况下qsub作业的示例。 – 2014-11-07 00:04:38

答

使用GNU 使与选项-j，与染色体的名字你的[R脚本替换__CHROM__。

chroms=1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 

define method1 

$$(addsuffix .out,$(1)) : script.R 
    cat $$< | sed 's/__CHROM__/$(1)/g' | R --nosave > [email protected] 

endef 

all: $(addsuffix .out,$(chroms)) 

$(foreach C, $(chroms),$(eval $(call method1, $(C))))

使用命令行参数并行运行多个R脚本

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