请检查R命令

Question

我做的Cooccur库按照R.

> fb<-read.table("Fb6_peaks.bed") 
> f1<-read.table("F16_peaks.bed") 

一切都确定了前两个命令，我也可以显示数据：

> fb 
> f1 

但当我给下一个命令下面

> explore_pairs(c("fb", "f1")) 

给出我得到一个错误消息：

 
Error in sum(sapply(tf1_s, score_sample, tf2_hits = tf2_s, hit_list = hit_l)) : 
    invalid 'type' (list) of argument 

任何人都可以提出一些建议吗？

Answer 1

尽管承诺将版本发布到the article the authors published over a year ago的Bioconductor存储库，但它们仍未交付。附加到文章的gz文件不是我的安装识别的表单。你真的应该与这个问题的作者相对应。

错误消息的性质表明函数期望不同的数据类。您应该查看help(explore_pairs)文件中参数的规范。如果期望2个矩阵，那么在参数周围包装data.matrix可能会解决问题，但是如果期望由其中一个包创建类，那么您需要采取必要步骤构建正确的对象。

为explore_pairs确实存在（至少在MAN目录），并说，第一个参数应该是一个特征向量与其它附加条件的帮助文件：

\arguments{ 
     \item{factornames}{an vector of character strings, each naming a GFF-like 
     data frame containing the binding profile of a DNA-binding factor. 

还有一个LOAD实用程序，load_GFF，这我假设是为创建这样的文件而设计的。

Answer 2

尝试重命名你的数据帧： 名（FB）= C（ “序列”， “开始”， “结束”）

检查示例数据集的。列名如上所述。我设置了名称，它的工作。