R问题返回函数使用循环的输出

问题描述：

我有一个问题，当我在循环中使用它时，会返回R中创建的函数的输出。我正在尝试将多个MCMC模型的输出结合到一个R对象中。R问题返回函数使用循环的输出

功能：

get_scrUN_output <- function(filename){ 
    out <- filename 
    nam<-c("sigma","lam0","psi", "N") 
    nam<-match(nam,dimnames(out[[1]]$sims)[[2]]) 

    out.lst<-mcmc.list(
     as.mcmc(out[[1]]$sims[200001:300000,nam]), 
     as.mcmc(out[[2]]$sims[200001:300000,nam]), 
     as.mcmc(out[[3]]$sims[200001:300000,nam])) 

    s <- summary(out.lst) 
    gd <- gelman.diag(out.lst,multivariate = FALSE) 

    output_table <- rbind(as.data.frame(t(s$statistics)), 
        as.data.frame(t(s$quantiles)), 
        as.data.frame(t(gd$psrf))) 
    return(output_table) }

我用来创建RDATA MCMC输出的列表通过函数来运行的代码：当我使用功能上的单个输出文件

scrUN.ET <- list.files(getwd(),"out.*ET.RData") 
    scrUN.lst <- as.vector(substring(scrUN.ET,1)) 
    scrUN.lst <- str_sub(scrUN.lst, 1, str_length(scrUN.lst)-3) 

    >scrUN.lst 
    [1] "BBout11FL" "BBout11TL" "BBout12TL" "BBout13FL" "BBout13TL"

，它的工作原理：

get_scrUN_output(BBout11FL) 

    sigma  lam0   psi   N 
    Mean   130.43594323 14.5319368 0.3361405211 335.8042733 
    SD    7.28386725 9.7311139 0.2743725813 274.6828277 
    Naive SE   0.01329846 0.0177665 0.0005009335 0.5014999 
    Time-series SE 1.28032869 1.3886577 0.0360607870 36.5692414 
    2.5%   118.37718370 0.6129902 0.0300165600 30.0000000 
    25%   124.29743884 5.7535456 0.0958156210 95.0000000 
    50%   130.40628214 15.1264454 0.2426328827 242.0000000 
    75%   135.99836262 19.9685209 0.5403864215 541.0000000 
    97.5%   145.11615201 34.9438198 0.9298185748 930.0000000 
    Point est.  1.59559993 4.4590599 1.0677998255 1.0678381 
    Upper C.I.  2.56854388 9.5792520 1.2186078069 1.2186933

但是，当我尝试运行所有输出文件通过函数使用循环我得到一个NULL输出。

scrUN.output <- rbind(
     for (i in seq_along(scrUN.lst)){ 
     get_scrUN_output(get(scrUN.lst[i])) 
     } 
    ) 


    >scrUN.output 
    NULL

谢谢！

答

我认为这是你要求的。这是最终代码部分的编辑。因为没有任何东西被for循环返回，所以你在使用rbind。

scrUN.output <- lapply(scrUN.lst, function(i) get_scrUN_output(get(i))) 
scrUN.output <- do.call(rbind, scrUN.output) 
scrUN.output

完美的作品！谢谢。 – JoB

答

原因是你rbind-什么也没有。

下面是一个简化的例子，演示了你的代码正在做什么 - for循环没有给变量分配任何东西，这就是为什么你最终得到NULL。

xx <- rbind( 
    for(i in c(1,2)){ 
     i 
    } 
) 
print(xx) # NULL

试试这个：

scrUN.output <- list() # initialize a list 
for (i in seq_along(scrUN.lst)){ 
    # update the list contents 
    scrUN.output[[i]] <- get_scrUN_output(get(scrUN.lst[i])) 
} 
# finally, rbind eveything 
scrUN.output <- do.call(rbind, scrUN.output)

或者更好的，使用lapply：

scrUN.output <- lapply(scrUN.lst, get_scrUN_output) 
scrUN.output <- do.call(rbind, scrUN.output)

R问题返回函数使用循环的输出

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