来自CLUSTERGRAM对象的置换矢量（MATLAB）

Question

我使用Bioinformatics Toolbox（ver 3.7）中的CLUSTERGRAM对象。 MATLAB版本R2011a。

我想获得的行置换向量和列clustergram，因为我可以dendrogram功能做：

x = magic(10); 
>> [~,~,permrows] = dendrogram(linkage(x,'average','euc')) 
permrows = 
    9 10  6  7  8  1  2  4  5  3 
>> [~,~,permcols] = dendrogram(linkage(x','average','euc')) 
permcols = 
    6  7  8  9  2  1  3  4  5 10 

我发现聚类是不是从clustergram和树状图一样，最有可能由于最优的叶子排序计算（我不想禁用它）。

例如，对于从clustergram：

clustergram(x) 

（'average'和'eucledian'是clustergram默认方法）

载体（如在附图）应该是：

permrows = [1 2 4 5 3 10 9 6 7 8]; 
permcols = [1 2 8 9 6 7 10 5 4 3]; 

那么，如何以编程方式获取这些向量？任何人都很熟悉这个对象？

任何人都可以建议一个很好的选择吗？我知道我可以创建一个结合了图像c和树状图函数的相似图形，但是在聚类图中叶子排序要比树状图要好得多（最佳）。

Answer 1

从看文档，我猜get(gco,'ColumnLabels')和get(gco,'RowLabels')，其中gco是clustergram对象，应该给你重新排序的标签。请注意，相应的set-方法以原始顺序接收标签并在内部对它们进行重新排序。

因此，如果您使用自定义标签（set(gco,'RowLabels',originalLabels)）

[~,permrows] = ismember(get(gco,'RowLabels'),originalLabels) 

应该返回行置换。