用于Python的C扩展中的SIGSEGV

问题描述：

我有一个Python的C扩展模块，它使用函数_xdr_read_xtc读取xtc轨迹。用于Python的C扩展中的SIGSEGV

该模块内置于.so库中，没有问题，大部分时间运行良好。但是，有时我会得到'分段错误（核心转储）'。

static PyObject * _xdr_read_xtc(PyObject *self, PyObject *args) 
{ 
    int natoms; 
    XDRFILE *xd; 
    xd = (XDRFILE *) malloc(sizeof(XDRFILE)); 
    if (xd == NULL){ 
     return NULL;} 

    XDRFILE *dummy; 
    dummy = xd; 

    if (!PyArg_ParseTuple(args, "ii", &xd, &natoms)){ 
     return NULL; 
    } 

    free(dummy); 

    int step = 0; 
    float time; 
    float prec; 
    matrix box; 
    rvec *x; 
    x = malloc(natoms * sizeof(*x)); 
    if (x == NULL){ 
     return NULL;} 

    // read frame 
    int status = read_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec); 

    if (status == 0 | status == 11){ 
     npy_intp dims[2]= {natoms, 3}; 

     PyArrayObject *matout = (PyArrayObject *) PyArray_SimpleNewFromData(2, dims, NPY_FLOAT, x); 
     PyArray_ENABLEFLAGS(matout, NPY_ARRAY_OWNDATA); 

     PyObject *Frame = Py_BuildValue("Oii", matout, status, step); 
     Py_DECREF(matout); 

     return Frame; 
    } 
    else{ 
     free(x); 
     return NULL; 
    } 
}

当使用Valgrind进行调试时，我得到'进程以信号11（SIGSEGV）的默认动作终止。访问不在地址0x195688988映射区域内'：

int status = read_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec);

代码中是否有任何明显错误？一个无效的指针可能？或者它可能是一个记忆问题？

谢谢！

会[此答案在SO]（https://stackoverflow.com/a/42154502/8051589）有帮助吗？我认为'xd'（第一个参数）必须是用'xdrfile_open'打开的文件，'natoms'（第二个参数）必须由'read_xtc_natoms'初始化。 –

感谢您的回复！我已经检查过这个帖子，并且我传递的xd和natoms参数是xdrfile_open和read_xtc_natoms函数的结果 –

答

您在xd中分配内存以保存XDRFILE。然后，您将xd移动到dummy，解析整数（文件句柄？）并将其放入xd/dummy。然后通过释放dummy免费xd。然后你打电话read_xtc(xd, ...，这将访问free'd内存。如果你的内存分配器决定放开那个页面，你会得到一个SIGSEGV。

将free(dummy)移至实际不再需要内存的位置。

感谢您的回复！我试图做的是假的是修复内存泄漏，我实际上并没有使用它（或者至少我不是故意的）。如果我打印出变量的地址，我得到如下： XD的malloc后：0000000000572910 假：ParseTuple后0000000000572910 XD：ParseTuple后0000000000572790 假：0000000000572910 我会尽量把免费的（虚拟），但我不不认为这是造成问题的原因。 –

'xd'在'x = malloc（...'的错误路径中泄露，并且'if（status ...'的两个部分都被泄露，不要仅仅将'xd'的值复制到'dummy'然后释放'dummy' - 你实际上将释放'xd'。你需要使用'xdrfile_open（）'来打开文件，它将返回一个'XDRFILE'，这反过来肯定不是一个你可以通过的整数'ParseTuple'。你可能会发现[this]（http://svn.cgl.ucsf.edu/svn/chimera/trunk/libs/Trajectory/formats/Gromacs/_gromacs/_gromacsmodule.cpp）有帮助。 – user2722968

我接受这个答案，因为链接是非常有帮助的！ –

用于Python的C扩展中的SIGSEGV

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