为什么dbListTables在通过函数调用时会给出警告消息？ （R DBI）

Question

我用DBI包中的dbListTables编写了一个函数，抛出一个我无法理解的警告。当我在函数之外运行相同的代码时，我没有收到警告消息。

有关信息，使用的数据库是Microsoft SQL Server。

重复的例子，

library(odbc) 
library(DBI) 

# dbListTables in a function: gives a warning message 

dbListTablesTest <- function(dsn, userName, password){ 

    con <- dbConnect(
    odbc::odbc(), 
    dsn  = dsn, 
    UID  = userName, 
    PWD  = password, 
    Port  = 1433, 
    encoding = "latin1" 
) 

    availableTables <- dbListTables(con) 
} 

availableTables <- 
    dbListTablesTest(
    dsn = "myDsn" 
    ,userName = myLogin 
    ,password = myPassword 
) 

# dbListTables not within a function works fine (no warnings) 

con2 <- dbConnect(
    odbc::odbc(), 
    dsn  = "myDsn", 
    UID  = myLogin, 
    PWD  = myPassword, 
    Port  = 1433, 
    encoding = "latin1" 
) 

availableTables <- dbListTables(con2) 

（顺便说一句，我知道我应该使用dbDisconnect缩小与它的工作后的连接。但是，这似乎抛出了类似的警告。所以为了简单起见，我已经省略dbDisconnect。）

警告消息

当执行上面的代码时，得到以下的警告MESSA当使用第一个选项时（通过函数），但当我使用第二个选项（没有功能）时我没有得到它。

warning messages from top-level task callback '1' 
Warning message: 
Could not notify connection observer. trying to get slot "info" from an object of a basic class ("character") with no slots 

该警告显然是由dbListTables引起的，因为当我从上述功能中省略该行时它会消失。

我的问题

• 为什么会收到这样的警告消息？
• 更具体地说，为什么我只通过函数调用dbListTables时才得到它？
• 我在做什么错了/我该怎么做才能避免它？

我的会话信息

R version 3.4.2 (2017-09-28) 
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1 

Matrix products: default 

locale: 
[1] LC_COLLATE=Dutch_Belgium.1252 LC_CTYPE=Dutch_Belgium.1252 LC_MONETARY=Dutch_Belgium.1252 LC_NUMERIC=C     LC_TIME=Dutch_Belgium.1252  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets tools  methods base  

other attached packages: 
[1] DBI_0.7 odbc_1.1.3 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] bit_1.1-12  compiler_3.4.2 hms_0.3  tibble_1.3.4 Rcpp_0.12.13 bit64_0.9-7 blob_1.1.0  rlang_0.1.2 

在此先感谢您的帮助！

Answer 1

TL：DR在另一个函数中调用odbc::dbConnect会导致此警告。

在odbc github大量挖掘后，我发现警告的来源。调用dbConnect创建一个数据库连接。在这个函数内是下面的代码：

# perform the connection notification at the top level, to ensure that it's had 
# a chance to get its external pointer connected, and so we can capture the 
# expression that created it 
if (!is.null(getOption("connectionObserver"))) { # nocov start 
    addTaskCallback(function(expr, ...) { 
    tryCatch({ 
     if (is.call(expr) && identical(expr[[1]], as.symbol("<-"))) { 
     # notify if this is an assignment we can replay 
     on_connection_opened(eval(expr[[2]]), paste(
      c("library(odbc)", deparse(expr)), collapse = "\n")) 
     } 
    }, error = function(e) { 
     warning("Could not notify connection observer. ", e$message, call. = FALSE) 
    }) 

    # always return false so the task callback is run at most once 
    FALSE 
    }) 
} # nocov end 

这个warning调用应该看起来很熟悉。这是产生警告的原因。那么为什么这样做？

上面的代码片段试图对连接对象进行一些检查，看看是否一切顺利。

它是如何做到这一点的，是通过添加一个函数来检查'TaskCallBack'。这是在完成top-level task后执行的函数列表。我不是100％确定的，但从我所知道的情况来看，这意味着这些函数在调用堆栈中的最高功能完成后执行。

通常，这将是您的脚本中的一行。因此，例如：在第二行中的分配完成

library(odbc) 
con <- odbc::dbConnect(odbc::odbc(), ...) 

之后，执行以下功能：

function(expr, ...) { 
    tryCatch({ 
     if (is.call(expr) && identical(expr[[1]], as.symbol("<-"))) { 
     # notify if this is an assignment we can replay 
     on_connection_opened(eval(expr[[2]]), paste(
      c("library(odbc)", deparse(expr)), collapse = "\n")) 
     } 
    }, error = function(e) { 
     warning("Could not notify connection observer. ", e$message, call. = FALSE) 
    } 
} 

的顶级表达式被传递给函数，并用于检查连接工作。另一个odbc函数调用on_connection_opened然后进行一些检查。如果这在任何地方抛出一个错误，由于tryCatch，给出警告。

那么为什么功能on_connection_opened会崩溃？

该函数采用下列参数：

on_connection_opened <- function(connection, code) 

和它做的第一件事是：

display_name <- [email protected]$dbname 

这似乎符合警告消息：

尝试从没有插槽的基本类（“字符”）的对象获得插槽“信息”

从参数的名称中可以明显看出函数on_connection_opened需要在其第一个参数中使用数据库连接对象。它从调用者那里得到什么？ eval(expr[[2]])

这是原始呼叫的左手边：con

在这种情况下，这是一个连接对象，一切是好的。

现在我们有足够的信息来回答你的问题：

为什么会收到这样的警告消息？

你的函数创建一个连接，它将检查连接函数排队。如果然后检查表的列表并返回它。检查连接函数然后将表的列表解释为它是连接，尝试检查它并且失败。这会引发警告。

更具体地说，为什么我只在通过函数调用dbListTables时才得到它？

dbListTables不是罪魁祸首，dbConnect是。因为你是从函数内部调用它的，所以它没有得到它正在尝试检查并失败的连接对象。

我在做什么错误/我该怎么做才能避免它？

解决方法是单独打开连接并将其传递到您的函数中。这样连接就会在自己的通话中打开，所以检查工作正常。

或者，你可以再次删除TaskCallback：

before <- getTaskCallbackNames() 
    con <- odbc::dbConnect(odbc::odbc(), ...) 
    after <- getTaskCallbackNames() 
    removeTaskCallback(which(!after %in% before)) 

是一个正在运行的on_connection_opened必不可少的？它究竟做了什么？

正如this comment on Github中软件包的创建者所解释的那样，该函数处理在RStudio的连接选项卡中显示连接。如果再次关闭同一个函数中的连接，这看起来并不有趣。所以这对你的功能不是必需的。