为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的？

在准备GEO/TCGA培训时，因为数据部分来自NCBI GEO数据库，就系统梳理了GEO数据库的结构和存储方式，顺便也看了GEO2R的使用。然后就发现了一个问题，可能直接使用GEO2R的分析结果是错误的。

原因见下图 （官网介绍截图）

而GEO2R的R代码使用的是GEOquery获取GSEMatrix，所以如果我们自己写代码这样获取非原始数据时，也有可能得到的数据是不可比的。

所以，还是建议使用工具或命令之前，好好读一下帮助文档，做到心中有数，知其所以然。如果能基于原始数据进行分析，可以做更多的质控和更深入的比较。如果不能，分析之前看下数据的分布是否均一 (median-centered)。

所以生信宝典的原理类文章，值得好好阅读。

典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集

典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - 数据获取到标准化

GO、GSEA富集分析一网打进

GSEA富集分析 - 界面操作

WGCNA分析，简单全面的最新教程

PCA主成分分析实战和可视化 附R代码和测试数据

一文掌握GSEA，超详细教程

从课件中截取GEO简介部分分享如下 （只占课件很小一部分）：