安装英伟达GenomeWorks的一些错误记录

一 环境准备

项目地址

https://github.com/clara-parabricks/GenomeWorks

软件说明写的很清楚，要满足gcc，cmake，python，cuda的版本要求。

使用了docker构建了基础环境，镜像模板为centos7,gcc4.8.5,cuda10.2,cmake2.8。除了cuda满足了要求其他都不满足，经过一系列升级后，满足了版本要求。

#升级GCC

gcc 升级采用了源码安装，官网下载的太慢可以使用镜像网站下载。

gcc 下载地址http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-7.2.0/gcc-7.2.0.tar.gz

安装过程可以参考下面的博客，类似的

https://blog.****.net/wangji163163/article/details/49305165?utm_source=blogxgwz0

与博客类似在下载 contrib/download_prerequisites的时候也遇到了国外网站访问太慢的问题，所以使用迅雷下载进行离线安装。

打开contrib/download_prerequisites找里面些的对应的版本去http://mirrors.nju.edu.cn/gnu/下载，进行手工安装后升级成功。要注意的是安装前置依赖时候，安装目录把版本号去掉。博客写的很清楚。

升级gcc成功#

#升级python版本

升级python打算使用conda进行python的版本管理，所以手贱把系统原生的python2.7卸载掉了。装上conda后base环境自带python3.7，但是yum命令用不了了，查询后发现yum依赖python2.7。开始想用conda创建一个python2.7的环境使用yum但是提示缺少包。最后没法办重装了yum和python2.7.

参考博客   https://blog.****.net/DawsonCheng/article/details/90515869

需要的包下载地址   http://mirrors.163.com/centos/7/os/x86_64/Packages/

python-2.7.5-34.el7.x86_64.rpm

python-chardet-2.2.1-1.el7_1.noarch.rpm

python-devel-2.7.5-34.el7.x86_64.rpm

python-iniparse-0.4-9.el7.noarch.rpm

python-kitchen-1.1.1-5.el7.noarch.rpm

python-libs-2.7.5-34.el7.x86_64.rpm

python-pycurl-7.19.0-17.el7.x86_64.rpm

python-setuptools-0.9.8-4.el7.noarch.rpm

python-urlgrabber-3.10-7.el7.noarch.rpm

rpm-python-4.11.3-17.el7.x86_64.rpm

yum-3.4.3-132.el7.centos.0.1.noarch.rpm

yum-metadata-parser-1.1.4-10.el7.x86_64.rpm

yum-plugin-aliases-1.1.31-34.el7.noarch.rpm

yum-plugin-fastestmirror-1.1.31-34.el7.noarch.rpm

yum-plugin-protectbase-1.1.31-34.el7.noarch.rpm

yum-updateonboot-1.1.31-34.el7.noarch.rpm

yum-utils-1.1.31-34.el7.noarch.rpm

将上面的包放到一个目录下 进入目录 执行 rpm -ivh --force *.rpm --nodeps

修复了yum后，conda依然不影响使用base环境是3.7.python升级完毕#

其他的工具升级比较简单，百度以下很多资料不再赘述。

二 按照项目说明进行CMAKE过程出现的问题

1.缺少htslib，这个库是用来读取一些生物信息领域特殊文件格式的库。

https://github.com/samtools/htslib

该库需要源码安装。

安装中发现需要以下依赖包:

zlib

需要先安装zlib 源码安装 wget  http://www.zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz

bzlib

 yum install bzip2-devel.x86_64

lzma

yum install -y xz-devel

curl/curl

yum install libcurl-dev libcurl-devel

安装上面依赖包以后cmake htslib以及cmake install通过。

2 对GenomeWorks进行安装，按照项目说明操作后，cmake过程中报错如下:

在std命名空间中没有这个成员，这个是出在cmake过程中，使用C++11标准，而应该采用C++14标准。如何使用C++14呢，我在报错的.cpp的CMakeLists显示的指定了C++14。

 

再次进行cmake报错变了

再次查找问题后，确定了我使用的编译器没有用gcc7.2而是用了gcc4.8.5

再次试验了下，果然系统中存在两个gcc，我应该使用的是带local的这个gcc，但是程序查找是按顺序的，所以先找到了低版本的gcc。

如何显示的指定cmake的编译器呢

-DCMAKE_C_COMPILER=/path/to/your/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/path/to/your/g++ 对CMAKE加这两个参数，显示指定gcc/g++路径。

解决完以上问题，按照官网的说明安装成功。