Longest Common Subsequence

问题描述

LCS 的定义:

Longest Common Subsequence,最长公共子序列,即两个序列 X 和 Y 的公共子序列中,长度最长的那个,并且公共子序列不同于公共字串,公共子序列可以是不连续的,但是前后位置不变。

LCS 的意义:

求两个序列中最长的公共子序列的算法,广泛的应用在图形相似处理、媒体流的相似比较、计算生物学方面。生物学家常常用该算法进行基因序列比对,由此推测序列的结构、功能和演化过程。
LCS 可以描述两段文字之间的“相似度”,即他们的雷同程度,从而能够用来辨别抄袭。另一方面,对一段文字进行修改之后,计算改动前后文字的最长公共子序列,将除此子序列外的部分提取出来,这种方法半段修改的部分,往往十分准确。简而言之,百度知道、百度百科都用得上。

一、暴力求解:穷举法

  1. 假定字符串 X,Y 的长度分别为 m,n;
  2. X 的一个子序列下标序列为 {1,2,3,…,m},因此 X 共有 2m2^m 个子序列;同理,Y 有 2n2^n 个子序列。
  3. 从而穷举法需要指数时间:O(2m2n)O(2^m\cdot 2^n),显然不可取。

二、动态规划法

将大规模的问题转换为小规模的问题:
LCS(Xm,Yn)={LCS(Xm1,Yn1)+xm,xm=ynmax{LCS(Xm1,Yn),LCS(Xm,Yn1)},xmyn LCS(X_m,Y_n)= \begin{cases} \begin{aligned} LCS(X_{m-1},Y_{n-1})+x_m,\quad &当x_m = y_n\\ max\{LCS(X_{m-1},Y_{n}),LCS(X_m,Y_{n-1})\},\quad &当x_m \neq y_n \end{aligned} \end{cases}
其中XmYnX_m,Y_n分别表示两个取自XYX,Y的前缀序列,xmynx_m,y_n分别表示X,YX,Y中的第m和n个元素。
LCS(Xm,Yn)LCS(X_m,Y_n)表示最长公共子序列。

算法思想:

  1. 创建二维数组 C[m,n]C[m,n]
    C[i,j]C[i,j] 记录序列XiX_iYjY_j的最长公共子序列的长度。
    c(i,j)={0,i=0j=0c(i1,j1)+1,i>0,j>0,xi=yjmax{c(i1,j),c(i,j1)},i>0,j>0,xiyj c(i, j) = \begin{cases} \begin{aligned} 0, \quad &当i=0或者j=0\\ c(i-1,j-1)+1, \quad &当i>0,j>0,且x_i = y_j\\ max\{c(i-1, j),c(i,j-1)\}, \quad &当i>0,j>0,且x_i\neq y_j \end{aligned} \end{cases}
  2. 创建二维数据 B[m,n]B[m,n](方向变量),其中,b[i,j]b[i,j] 标记 c[i,j]c[i,j] 的值是由哪一个子问题的解达到的。即 c[i,j]c[i,j] 是由 c[i1,j1]+1c[i-1,j-1]+1 或者 c[i1,j]c[i-1,j] 或者 c[i,j1]c[i,j-1] 的哪一个得到的。取值范围为 Left,Top,LeftTop 三种情况。

Longest Common Subsequence
在上述二维数据表中,数值即为 c[i,j]c[i,j],箭头即为方向变量 B 数组中的值{Left,Top,LeftTop}。

具体代码实现:

1. 先求出B数组和C数组:
Longest Common Subsequence
2. 通过B数组去递归求解最长公共子序列
Longest Common Subsequence