UCSF DOCK6.8对接教程之准备受体和配体文件

UCSF DOCK6.8对接教程

       DOCK6 是UCSF  (加利福尼亚大学洛杉矶分校)开发出的一套用于模拟分子对接的软件。用于学术研究目的DOCK6 官网申请，申请时需要填写真实详细的信息(学校名称、网站地址、导师名称等等)。

      目前DOCK6最新的释放版本为DOCK6.8,其安装参考博文：Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装DOCK6.8

本教程以PARP1为靶点，选择其晶体结构：4R6E；

用于对接的配体选择：Olaparib（奥拉帕尼）

准备受体文件（UCSF Chimera）

打开受体蛋白，删除多余的链和所有非蛋白结构（此处保留A链和其结合配体保存为receptor.pdb）；

删除非蛋白结构（包括配体），Tools- Structure Editing- Dock Prep 将受体部分的参数补全;

选择加氢加电荷方法，加氢加电荷后保存为：rec_charged.mol2；

选择蛋白所有H 原子，删除，保存为rec_noH.pdb；

准备配体文件（UCSF Chimera）

打开配体3D结构，删除所有H；
Tools-Structure Editing-AddH
Tools-Structure Editing-Add Charge
保存为ligand.mol2；