2020.11.10丨BSA基础知识及产品介绍
分类:
文章
•
2024-11-18 22:57:52
- 产品介绍
- BSA产品介绍
- 1.2基本概念
- Bulked Segregant Analysis，分离群体分组分析法
- 定义：
- 在性状分离的遗传群体中 ，选择表型极端差异个体将其DNA等量混合，分别构建DNA混池，与性状 相关SNP的等位位点频率在混池间表现出显著差异， 而非相关SNP的等位位点频率无明显差异，从而可以 通过比较混池间SNP得到候选区间。
- 1.3技术流程
- 对端混池及亲本进行高通量测序，鉴别多态性标记，进行关联分析
- 结合物种的参考基因组序列，对定位区间基因做功能注释
- 1.6 BSA取样
- 取样时期
- ➢ BSR：在前期研究基础上，取样时期在目的基因表达时期和部位。
- ➢ WG-BSA、SLAF-BSA取样时期：幼嫩组织。
- 亲本取样
- ➢ 建议亲本取样。信息分析时，亲本首先比对到参考基因组，分析两个亲本间的SNPs，然后 在混池中对这些SNPs进行分型，可以有效的提高SNPs的准确性。有亲本BSA分析会使用ED 和ΔSNP-Index两种方法进行分析，最后去两种结果的交集，提高定位准确度。
- 1.8 关联算法
- —SNP-index
- 以母本碱基类型频率为分母，混池检测为分子，隐性池-显性池
- 必须有2个亲本，且2个亲本与混池性状关系对应 SNP-index= ρ（隐性）/(ρ（显性）+ρ（隐性）) ΔSNP-index= SNP-index（隐性池）- SNP-index（显性 池）
- 对于有双亲的BSA分析，百迈客使用SNP-index、ED两种算法同时计算，然后取两 种方法的交集区间。
- 1.9 BSA和遗传图的区别
- 表格
-
