ggjoy facet with ggtree

Question

是否可以将joyplot作为面板添加到包含ggtree的图中，如these examples所示？喜悦图的例子是here。

我意识到我可以手动将joyplot的物种标签按照树尖标签的顺序放置，但我正在寻找自动解决方案。我想自动将joyplot行与树的提示相关联，类似于boxplot数据如何与提示标签相关联。

我认为Guangchuang瑜在上面的链接示例提供合适的数据：

require(ggtree) 
require(ggstance) 

# generate tree 
tr <- rtree(30) 

# create simple ggtree object with tip labels 
p <- ggtree(tr) + geom_tiplab(offset = 0.02) 

# Generate categorical data for each "species" 
d1 <- data.frame(id=tr$tip.label, location=sample(c("GZ", "HK", "CZ"), 30, replace=TRUE)) 

#Plot the categorical data as colored points on the tree tips 
p1 <- p %<+% d1 + geom_tippoint(aes(color=location)) 

# Generate distribution of points for each species 
d4 = data.frame(id=rep(tr$tip.label, each=20), 
      val=as.vector(sapply(1:30, function(i) 
          rnorm(20, mean=i))) 
      )    

# Create panel with boxplot of the d4 data 
p4 <- facet_plot(p1, panel="Boxplot", data=d4, geom_boxploth, 
     mapping = aes(x=val, group=label, color=location))   
plot(p4) 

这将产生下面的情节：

是否有可能到位箱线图的创建joyplot？

这里是演示数据集D4的上方快速joyplot代码：

require(ggjoy) 

ggplot(d4, aes(x = val, y = id)) + 
geom_joy(scale = 2, rel_min_height=0.03) + 
scale_y_discrete(expand = c(0.01, 0)) + theme_joy() 

结果是：

我是新来GGPLOT2，ggtree和ggjoy所以我完全是在如何甚至开始这样做的损失。

Answer 1

注意：截至2017年9月14日，ggjoy package has been deprecated。相反，请使用ggridges package。对于下面的代码与ggridges一起使用，请使用geom_density_ridges而不是geom_joy。

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看起来你可以geom_joy在facet_plot只需更换geom_boxplot：

facet_plot(p1, panel="Joy Plot", data=d4, geom_joy, 
      mapping = aes(x=val, group=label, fill=location), colour="grey50", lwd=0.3) 

如果你是新的作者，以GGPLOT2，the visualization chapter of Data Science with R（一个开源的书ggplot2）应该有助于学习基础知识。

ggjoy和ggtree扩展了ggplot2的功能。当这样的扩展很好地完成时，“显而易见的”事情（就通常的ggplot“图形语法”而言）经常起作用，因为扩展包是以一种试图忠实于基本ggplot2方法的方式编写的。

在这里，我的第一个想法是用geom_joy代替geom_boxplot，结果证明完成了这项工作。每个geom只是将数据可视化的一种不同方式，在这种情况下，框图对比密度图。但是情节的所有其他“结构”都保持不变，所以你可以改变几何，并得到一个遵循相同的轴顺序，颜色映射等的新的情节。一旦你获得了一些经验，这将更有意义。 ggplot2图形文法。

下面是左手情节略有不同的标记方法：

p1 = ggtree(tr) %<+% d1 + 
    geom_tippoint(aes(color=location), size=6) + 
    geom_tiplab(offset=-0.01, hjust=0.5, colour="white", size=3.2, fontface="bold") 

facet_plot(p1, panel="Joy Plot", data=d4, geom_joy, 
      mapping = aes(x=val, group=label, fill=location), colour="grey40", lwd=0.3) 

UPDATE：这是在响应您的意见，询问如何获得相同的自定义颜色都刻面板。这里的代码，这样做与你的问题示例数据：

p1 = ggtree(tr) %<+% d1 + 
    geom_tippoint(aes(color=location), size=5) + 
    geom_tiplab(offset=-0.01, hjust=0.5, colour="white", size=3, fontface="bold") + 
    scale_colour_manual(values = c("grey", "red3", "blue")) + 
    scale_fill_manual(values = c("grey", "red3", "blue")) 

facet_plot(p1, panel="Joy Plot", data=d4, geom_joy, 
      mapping = aes(x=val, group=label, fill=location), colour="grey40", lwd=0.3)