nanopore测序技术专题（三）：选择适合你的测序设备
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nanopore是非常适合实验室单独运行的测序设备，无需投入大量资本。而不像二代测序，需要昂贵的购买测序仪成本以及运行成本。也许在不久的将来，测序仪将如PCR仪一样普通”飞入寻常百姓家“。这次内容我们将给大家介绍一下最新的nanopore测序相关产品。
注：本次内容全部来自nanopore官网产品近期介绍，经常会更新，更多内容大家可以自行去nanopore官方查看，或者联系他们公司人员，本次内容无广告赞助（哈哈哈）。
产品介绍：https://nanoporetech.com/cn/products
查看价格：https://nanopore.yilimart.com/
如何计算数据产出量
数据产出量是测序仪一个重要指标，nanopore的主要产品也是根据数据产出来进行区分。选择适合自己一个重要原则也是需要根据自己数据分析所需数据量。例如分析人基因组，单次数据产出至少要30G，那么数据产出太少的的测序仪产品不合适。如果只做细菌，那么产出数据太多的产品也比较浪费。每款测序仪产品官方都会给出目前最大数据产出量。如果觉得记忆比较麻烦，其实这里也有一种比较简单的计算方法，就是根据纳米孔数多少来计算。目前纳米孔每秒流过碱基数目是400bp左右，那么如果是512个纳米孔，每秒测序量就是200K左右，那么一分钟产出数据约12.3M，同理，我们就可以计算出一小时数据量为738M，48小时则为35G。这些都是理论计算值最大值，实际达不到。这样我们就可以通过纳米孔数目来大概推算每款产品最大产出数据量了。
MinION
MinlON是Nanopore推出的第一款测序仪产品，也是目前该公司测序平台中最成熟、使用最广泛的一款。MinION是一款功能强大的手持测序仪，能够提供具有经济效益的，实时长读长测序数据。体积小到可以放到口袋里。带有512个有效通道，数据量高达30Gb，USB驱动可以在广泛的应用领域帮助研究者快速研究生物学。这款是适合很多实验室的入门选择。
GridION
可运行高达5张MinION芯片或Flongle芯片，GridION上一次可有多达2560个有效通道进行测序。可以简单理解为5个MiniION在加一台高性能服务器，内置一些软件。如果做大型基因组相关分析，每次需要产出较多数据量，可以选择GridION。
PromethION:
PromethION是灵活、高产量的台式测序仪，是大型项目和高通量实验室的理想选择。可以同时或单独运行多达24个（PromethION 24）或48个（PromethION 48）测序芯片——根据需求可提供高达Tb级别的长读长测序数据。集成的高性能计算能力可实时进行碱基识别和后续分析，以便快速获得结果。单张测序芯片内部最高通量220Gb，用户手中最高通量180Gb。我们已经在P48 的单次测序运行中获得了超过7Tb数据。PromethION 48每年可运行4500张测序芯片。现在已有多项使用PromethION开展的大型项目: 人类X染色体、100天测序100个番茄基因组、10万人的结构变异分析。PromethION是目前的旗舰产品，旗舰产品必须配有旗舰机的价格。
Flongle
是MinION和GridION的转换器，Flongle芯片可以随时随地进行快速、小型的测试，并已经在人们希望得到快速答案得小型实验中显示出价值。单张芯片数据产出为1.8G。Flongle设计用于更小或者更频繁的测试及实验的最快速可得和最具经济效益的测序系统。可以用于微生物测序或者肿瘤panel数据，带有126个通道的测序芯片耗材。
MinION Mk1C
测序设备整合高性能计算和高分辨率屏幕，是MinIon与MinIT的结合产品，可连接Sim卡和蓝牙。2020年1月上市。特别适合野外微生物快速鉴定。
SmidgION
迄今为止体积最小的测序设备，具备与MinION 和 PromethION相同的纳米孔传感技术，可在任何地点与智能手机配套使用。由于推出了MinION Mk1C，这款产品感觉以后应该不会推出了。
其他产品
MinIT
预装了Linux系统，内置MinKNOW, Guppy, EPI2ME等软件，通过蓝牙和wifi连接笔记本显示器或者智能手机进行控制。包含一块512G SSD，fastq or fast5 文件可以直接进行保存。6核心ARM CPU，8G内存，重量为290g，包含1个 USB 2.0 接口 1个USB 3.0接口一个以太网接口。
VolTRAX
VolTRAX可以进行自动化的文库制备，用一个小型装置取代了一系列实验室设备，该装置可以进行不论简单还是复杂的准备工作用于纳米孔分析。
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