超过10000个原子的pdb文件通过MKTOP转换为top文件的解决办法

本人在做课题时候遇到一个问题，对于分子动力学（MD）把文件转换成gromacs可用文件时：

我们用某些软件生成PDF文件，但如果超过10000个原子，那么生成的PDF文件关于键连接的时候，会连结在一起

我们想要通过MKTOP文件转换PDB为TOP，从而通过gromacs跑程序，我们必须的做一些修改。否则直接报错为

You said we could use PDB Conect information (default choice) but we did not find information for atom 10000.

研究了一下源代码，人家是通过空格分离数字的，所以会报错

（1）把所有的数字后面加入空格

（2）我们加入空格之后，如果直接放入到MKTOP中运行，那肯定报错：

Defining bond orders for alkene carbons...
Defining bonded terms...

Illegal division by zero at ./mktop_2.2.1.pl line 2770, <FF> line 1309.

分析源代码可知，这个原因是2770行的除数为0，为啥，因为我们只有一条键连接的原子后面有空格，然后默认第三个值为0了

（3）去除空格，通过CTRL+F，然后选择替换，在 “查找目标” 上面输入： \r\n

“替换为" 输入：\r\n

注意，在查找目标中\r\n最前面多一个空格，替换为里面没有空格！！！！！！

查找模式为拓展，勾上选区范围内，之后手动选中10000以后的那些CONECT，一口气替换掉所有

接下来，放入LINUX中运行把，肯定不会出错了！

PS：不要忘记，可能在第10000个原子的前面会有一个额外的原子需要手动的加个或减一个空格哈！

最后，用vim去除里面的^M，打开用MKTOP生成的文件，然后输入" :%s/^M//g " ，这里面的^M，必须使用键盘按CTRL+v，然后按CTRL+M输入，这样TOP文件就生成啦！