用tbtools基因家族分析《一》
基因家族分析流程
此版本为无代码版本，依赖tbtools来实现，纯粹记录自己的学习经验。
蛋白序列的blast比对
- 选择拟南芥基因家族的蛋白序列文件
- 选择你想要查找的基因家族的基因组蛋白文件
- 选择你要输出的文件名
- 选择输出格式，默认为xml，选择"Table“格式，结果更直观
- 点击”start“，开始运行。
候选蛋白序列的提取
- 对于我们获得的结果文件
rice.txt,，我们选择用excel打开，对其进行排序和去重处理，得到候选的基因ID； - 选择TBtools的”Fasta Extract or Filter"功能来提取上述候选基因的蛋白序列，
- 第一个红框为水稻基因组的蛋白序列，第二个为输出的文件名，第三个就是我们的上一步得到的候选基因ID；
候选基因的保守结构域确定
- 利用网站NCBI CD search来预测候选基因的保守结构域；
- 根据结果来筛选候选基因，比如我们挑选的是
DUF629 superfamily，其中包含DUF629 superfamily的基因则为最终的候选基因。