ArrayTools安装,示例数据试用

尝试安装 ArrayTools,并对 BRCA 示例数据进行差异表达分析和聚类

安装步骤:

  1. 到官网下载ArrayTools文件:
    ArrayTools安装,示例数据试用

  2. 按提示默认下载,途中会安装R 3.5.1以及Java,过程稍慢。

  3. 安装结束后,打开一个Excel表格加载扩展项。
    首先,点击“文件-选项-信任中心-信任中心设置-宏设置”,勾选启用所用宏,信任对VBA工程对象模型的访问。
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    其次,点击“文件-选项-加载项-转到-浏览”,选择ArrayTools文件夹下的名为Excel的文件 。
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    最后,关闭后重新打开Excel,可以在加载项中看到ArrayTools扩展成功加载。
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  4. 在Getting started选择示例数据集,点击第一个BRCA突变数据集。
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    可以看到有4个子表,分别为:Experimental descriptors, Filtered log ratio, Gene identifiers, Gene annotations
    Experimental descriptors是对实验样本的描述,横坐标为样本,纵坐标为描述比较。
    Filtered log ratio是基因芯片的数据,表示荧光强度(此处为单通道荧光,所以实际为荧光强度值,而非ratio,双通道为ratio,但目前概念混用,一般都默认写作log ratio)
    Gene identifiers是对基因本身的描述,包括名称、ID、Symbol等。
    Gene annotations是基因注释,跟上一表格有部分重叠,但此外还有GO等数据。

  5. 点击Class Comparisson,选第一个方法。(此处注意系统设置为英文时区,否则报错)会打开一个网页,可以查看差异表达基因,并可绘制热图、火山图等。
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