nanopore宏基因组测序数据分析,北京,11月7-9日
受疫情影响，今年的很多事情都只能线上进行。感谢无数在抗疫保卫战中辛苦付出的人们，才能让我们的生产生活逐渐恢复正常。11月7-9日，我们将在北京，联合北京金果壳生物医学工程技术有限公司（nanopore官方代理）开启今年的首场线下培训班。本期主题围绕“nanopore宏基因组测序数据分析”，nanopore测序实时，快速，便携，长度长，高通量等诸多特点，特别适合微生物研究。在新冠病毒研究以及后续病毒溯源方面都会有重要的应用。本次培训班，我们将系统介绍纳米孔测序在宏基因组中的应用，通过本次培训班你将完成以下四大主题：1、熟悉纳米孔测序；2、病原微生物快速鉴定；3、宏基因组数据分结果可视化；4、纳米孔建库测序实验。
课程特色
1、真正的小班授课，提供助教，提供一对一指导，零基础可学习。
2. 科学设计课程，以上机操作为主，让每一位学员亲自上手，都执行出结果；。
3. 以完整项目为案例，通过亲自上手操作，快速掌握技能；
4、从建库到上机，数据分析完，一次学习，完成病原微生物鉴定整套流程。
主讲老师
王通
曾任职于华大基因，10年以上生物信息分析经验，从2010年开始做宏基因组数据分析，nanopore测序技术专家，阅读nanopore相关文献百余篇，撰写nanopore测序技术数据分析中文专栏，已完成nanopore培训5期。曾任华大基因高级讲师。2015年开始创业，主要做生物信息培训工作。国内最早生物信息教学视频制作者，已制作视频500集以上。目前已在北京、上海、广州、深圳、哈尔滨、杭州、武汉、南京、长春、青岛、重庆、海口等组织37场培训班，培训经验丰富，线上线下累计学员超过6000多名。公众号“基因学苑”作者，已写作生物信息教程600多篇。
课程安排
（根据教学进度现场情况适当调整进度）
时间 |
主题 |
课程安排 |
第一天（上午） |
课程介绍 |
一、宏基因组简介 宏基因组简介 当前宏基因组取得成就 扩增子与宏基因组测序比较 宏基因组测序技术难点 纳米孔测序技术介绍 纳米孔测序在宏基因组研究中的应用
二、纳米孔测序原理选择合适的纳米孔 纳米孔测序原理 不同测序平台比较 纳米孔测序错误问题 |
第一天（下午） |
软件和数据库 |
三、熟悉Linux系统 登录Linux系统 传输文件 Linux基本操作 目录结构 编写脚本 |
第二天（上午） |
配置数据库 |
四、利用bioconda管理生物软件 安装bioconda 纳米孔测序分析软件安装 宏基因组分析软件安装 五、配置数据库 nt/nr库 物种分类数据库 refseq数据库 下载练习数据 |
第二天（下午） |
物种分类鉴定 |
六、纳米孔数据处理 fast5文件格式 利用guppy进行basecalling 拆分barcode fastq文件格式 利用nanopplot进行数据质控 利用filtlong进行数据过滤
七、物种分类鉴定 物种分类原理 几种分类算法的比较 利用centrifuge进行物种分类 |
第三天（上午） |
配置数据库 |
建立索引 结果解读 结果过滤 可视化Pavian 八、饱和度评估 抽样比较
九、结果可视化 megan简介 合并多样本结果 准备输入文件 数据可视化
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第三天（下午） |
分组比较 |
十、分组比较 stamp简介 spf文件 准备输入文件 两组比较 多组比较 结果可视化 |
第四天（可选） |
实验部分 |
十一、实验操作 纳米孔建库测序实验 |
报名须知
课程一：数据分析
培训时间：2020年11月6日~8 日，每天9:00~16:30
培训费用：4900元 （包含培训费，材料费，午餐费）
课程二：数据分析+上机实验
培训时间：2020年11月6日~9 日，每天9:00~16:30
培训费用：7900元 （包含培训费，材料费，午餐费）
上课地址：北京市海淀区辰茂鸿翔酒店3楼（地铁10号线牡丹园地铁站附近）
付款方式
付款方式：银行对公转账
户 名：青岛同源基因科技有限责任公司
开户银行：中国建设银行青岛高新区支行
账户：37101006101052502221
也可以公务卡微信支付宝扫码支付等，会议通知等请联系工作人员。
报名方式
扫描下方二维码，添加微信报名
常见问题
1、零基础是否可以学会？
完全没有问题，我们本次培训班会从零开始，一步步带领大家逐步熟悉nanopore测序相关的原理以及具体操作。不要害怕自己是零基础，如果不学习，永远都是零基础。
2、两个课程有什么区别？
课程二比课程一多了一天nanopore实验上机部分。上机实验部分将亲自完成从DNA建库到上机产出数据。
3、上完课就能够自己做分析了吗？
可以，我们课上会演示大量操作案例，将脚本以及案例数据放到服务器上，只需要替换为自己数据即可完成分析。
4、可以开发票吗？
可以，可开具培训费，会议费，数据分析费，技术服务费，测序服务费等。包括培训通知，发票更加具体内容可加微信联系。
5、需要做哪些准备？
添加微信报名，报名之后会进入培训交流群，我们会提前介绍腾讯会议的具体使用，以及预习Linux操作部分。
6、培训完后面有不会的问题怎么办？
生物信息学习是一样长期的任务，培训班结束了，学习并没有。我们有培训交流群，后续可以在群内继续交流学习。