分子描述符和分子相似性
分子描述符和分子相似性
分子描述符
数字化的产物，数值指标
比如性别 必须要用1代表男，2代表女
分子结构不是数值也不是数值的集合 分子结构必须要变换成数字的形式才是分子描述符
一、按种类分类：定量描述符和定性描述符
唯一的一种定性描述符是分子指纹：是对分子的结构性质分子片段或子结构信息使用某种编码进行表示 有很多分子指纹
除了分子指纹全部是定性描述符
二、数据类型：
布尔值、整数、实数、向量、标量场、向量场、张量
所有的物理量都可以转化成张量
三、按照需要的分子结构维数分类：
一维（化学式）
二维(苯环的数量，通过化学式得不到，几个氢键的受体)
三维（分子的表面积 因为需要知道每一个原子的坐标）、
四、按照物理意义分类
只是列举、还有很多
A 组成描述符
表示分子组成或相对组成数量
必不可少，单独使用不行，需要和更复杂的描述符结合到一起使用
B 拓扑描述符
通常是二维的分子描述符
Wiener指数：距离矩阵 计算机存储 行和列分别代表5个原子 2号原子和三号原子通过一个化学键链接 1和4之间是通过三个化学键链接
另外一半是对称的 维纳指数看起来比较奇怪 物理意义不明确
具体怎么用没考虑
C 亲脂性、亲水性描述符
油水分配剂
正辛醇
化合物在油相和水相之中都会有溶解，测量浓度去对数得到油水分离系数
亲脂性/疏水性的大小 logP的大小来反应
常见的logP 计算方法
除了实验以外还有很多
其他的亲脂性亲水性描述符
LogS
LogD
难度更大一些
D 几何描述符
根据分子的性状计算出来
转动惯量
回旋半径
分子表面积
范德华表面积
溶剂及可及表面积
探针分子球心形成的表面积
溶剂排除表面积
探针分子球面形成的表面积
Es立体参数 表示立体效应 两个反应速率的差值
取代基如果越大 空间位阻越大 越难形成中间产物 反应速率越慢 得到的Es值负值越大
E 电性描述符
F 热力学参数
G 构象描述符
H 量子化学描述符
有热力学参数 生成热
I 分子场参数
探针和分子相互作用
标量场 每一个点有一个标量值
J 受体相互作用描述符
K
L
分子描述符计算软件
Dragon软件可以计算5270+描述符
优秀的分子描述符的要求：