miRNA数据库篇——mirBase（序列数据库）

miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库（序列数据库），该数据库中收录了来自200多个物种，接近4万个miRNA的信息，是最全面的miRNA数据库，网址如下

http://www.mirbase.org/index.shtml

主页面：

①：导航栏

Home：首页

Search：课通过多种方式检索miRNA

Browse：可通过物种检索miRNA

Help：帮助信息

Download：下载页面

Blog：miRBase日志

Submit：注册新得miRNA

②：检索栏

③：miRBase数据更新日志

④：miRNA数据库版本号以及目前收录得miRNA条目数量

⑤：miRNA检索栏：可通过miRNA名字或者关键字检索miRNA（与②基本一样）

⑥：下载链接

⑦：miRBase数据库简介

⑧：参考文献（miRBase结果用于发表时需要引用相关文献）

有关miRNA信息检索可以查看这一篇文章：

miRBase数据库使用教程

我们可以方便的检索和浏览该数据库中的信息，以human为例， 在Browse菜单中，可以检索到hman的所有miRNA前体，示意如下

ID代表miRNA前体的名字, Accesion代表miRNA 前体的编号;RPM为Reads perl million mapped的缩写，代表miRNA前体的表达量;Chromosome, start,end,strand表示miRNA前体所在的染色体位置信息，Confidence`表示可信度。

以hsa-let-7a-1为例, 点击该链接可以查看详细信息，在详情页面，可以得到这个miRNA前体对应的基因，序列，茎环结构等信息

还可以看到这个miRNA前体产生的的两条成熟的miRNA序列和对应的靶标数据库，示意如下

miRNA靶标注释可以分成以下两大类

1. validated targets

实验验证的靶标结果，对应的数据库如下

• MIRTARBASE
• TARBASE

2. predicted targets

软件预测的结果, 对应的数据库如下

• DIANA-MICROT

• MICRORNA.ORG

• MIRDB

• RNA22-HSA

• TARGETMINER

该数据库是免费下载的，ftp地址如下

ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/

下载的整体数据集示例：

可根据自己想要的进行筛选，筛选办法：

python 选取列表中某列所含特定字符所在的所有行

python3怎么筛选excel中特定的行（行中的值满足某个条件/行中的值属于某个集合）

参考来源：

作者：生信修炼手册
链接：https://www.jianshu.com/p/b057f152759f
来源：简书

作者：MedBioInfoCloud（MedBioInfoCloud）

链接：https://cloud.tencent.com/developer/article/1481947

来源：微信公众号