动物miRNA靶基因预测方法(一)—— 软件安装

miRNA的研究大多离不开靶基因的预测,这能帮助我们快速的获得潜在的靶基因,缩小试验验证的基因范围。本文将介绍4种动物miRNA的本地化预测软件的安装方法。

一、计算机与服务器连接

运行环境:Linux服务器

xshell:模拟虚拟终端的Internet和网络程序。 目的是允许计算机充当终端机。

xftp:用于计算机与服务器之间的文件传输。

xshell和xftp下载正版的,不要下载**版的,官网下载地址:https://www.netsarang.com/zh/xshell-download/

点击“免费授权页面”,输入姓名和邮箱,选择“两者”即可获得正版免费下载链接。

动物miRNA靶基因预测方法(一)—— 软件安装

动物miRNA靶基因预测方法(一)—— 软件安装

二、靶基因预测软件安装

1、miRanda

下载地址:http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do

动物miRNA靶基因预测方法(一)—— 软件安装

下载好的压缩文件传到服务器,解压缩:tar zxvf miRanda-aug2010.tar.gz

进入miRanda-3.3a文件:cd miRanda-3.3a/

安装:./configure --prefix=/tools/miRanda

查看安装是否成功:which miranda

出现地址则安装成功。

2、RNAhybrid

下载地址:https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/applications/rnahybrid/resources/downloads/RNAhybrid-2.1.2.tar.gz

下载好的压缩文件传到服务器,解压缩:tar -zxvf  RNAhybrid-2.1.2.tar.gz

进入RNAhybrid-2.1.2文件:cd RNAhybrid-2.1.2

安装:./configure

查看安装是否成功:which RNAhybrid

出现地址则安装成功。

3、TargetScan

下载地址:http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/data_download.cgi?db=vert_50

动物miRNA靶基因预测方法(一)—— 软件安装下载好的压缩文件在Windows下解压,再传到服务器就可以直接用了。

4、PITA

下载地址:https://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/64bit_exe_pita_prediction.tar.gz

下载好的压缩文件传到服务器,解压缩:tar -zxvf 64bit_exe_pita_prediction.tar.gz

make安装:make install