组学联合分析
转录组学-蛋白质组学联合分析
mRNA与蛋白质均存在的基因
将基于参考基因得到的蛋白质鉴定结果与转录组结果进行关联分析，用于验证mRNA可变剪接。当某一个蛋白被鉴定到且在转录组水平有表达信息时，被认为关联到。
相关性分析
将在蛋白水平和转录水平关联到的所有可定量数据进行关联分析，计算Pearson相关系数，得到蛋白和 mRNA表达的相关性，并在相关分析中，按照蛋白和mRNA表达量的变化将关联分析分成4类，以便直观的描绘基因表达调控模式。
A：表达变化mRNA与对应蛋白变化的相关系数；B：上调变化mRNA与对应蛋白变化的相关系数；C：下调变化mRNA与对应蛋白变化的相关系数；D：上调变化蛋白与对应mRNA变化的相关系数；E：下调变化蛋白与对应mRNA变化的相关系数；*：p值小于0.01。
蛋白质-蛋白质相互作用网络
对蛋白质组与转录组定量分析所产生的差异蛋白，在BioGrid、PID、STRING等数据库中找出这些差异蛋白间的互作关系，使用得到的互作数据绘图实现互作网络的可视化。
深黄色：蛋白表达上调，mRNA表达上调；淡黄色：蛋白表达上调，mRNA表达量不变；橙色：蛋白表达上调，mRNA表达下调；绿色：蛋白表达下调，mRNA表达上调；淡蓝色：蛋白表达下调，mRNA表达量不变；深蓝色：蛋白表达下调，mRNA表达下调。