从部分匹配其他文件中列出的关键字的文本文件中提取所有行

Question

我已经耗尽在线搜索，试图找出如何执行此操作。

我有制表符分隔的文件searchfile.txt有两列和> 200行。样品在这里：

A(H1N1)/SWINE/COTES-DARMOR/388/2009 X? 4.28144245 
A(H1N2)/SWINE/SCOTLAND/410440/1994 X? 7.25878836 
A(H1)/SWINE/ENGLAND/117316/1986 X? 3.305392038 
A(H1)/SWINE/ENGLAND/438207/1994 X? 7.66078717 

我还有一个文件keywords.txt有一些关键字，在searchfile.txt部分匹配的ID：

ENGLAND/117316  
DARMOR/388 
438207 

我想提取searchfile.txt包含在keywords.txt

任何关键字的所有行

使用其他类似问题的解决方案我试过了：

grep -F -f keywords.txt searchfile.txt > selected.txt 

grep -f keywords.txt searchfile.txt 

awk 'FNR==NR {a[$0];next} ($NF in a)' keywords.txt searchfile.txt > result.txt 

我也得到了一部分的方式有这个python脚本：

infile = r"/path/to/searchfile.txt" 

results = [] 
to_keep = ["ENGLAND/117316", 
      "DARMOR/388", 
      "438207"] 

with open(infile) as f: 
    f = f.readlines() 

for line in f: 
    for phrase in to_keep: 
     if phrase in line: 
      results.append(line) 
      break 

print(results) 

，并将其输出这个终端窗口：

[ 
    'A(H1N1)/SWINE/COTES-DARMOR/388/2009 X?\t4.28144245\n', 
    'A(H1)/SWINE/ENGLAND/117316/1986 X?\t3.305392038\n', 
    'A(H1)/SWINE/ENGLAND/438207/1994 X?\t7.66078717\n' 
] 

有没有办法来

一）修改这个脚本从keywords.txt这样的文件中读取并输出行到另一个文件？ （我的Python的技能都达不到那个）

OR

B）使用grep，awk，sed ...要做到这一点

我认为问题是，我的关键字不是整个单独的单词并且必须部分匹配searchfile.txt中的内容。

感谢您的帮助！谢谢。

Answer 1

这在Python中相当简单。假设你有keywords.txt和input.txt文件，并要输出到output.txt：

# 1 
with open('keywords.txt', 'r') as k: 
    keywords = k.read().splitlines() 

results = [] 

#2 
with open('input.txt') as f, open('output.txt', 'w') as o: 
    for line in f: 
     if any(key in line for key in keywords): 
      o.writelines(line) 

此读取关键字文件，并将它从每行的列表（＃1）。然后，我们打开我们的输入和输出文本文件，逐行循环输入文件，如果在行中找到任何关键字（＃2），则写入输出文件。