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在MPI Python程序中寻找SegFault的一般建议

分类: 技术问答 • 2025-08-08 19:17:16
问题描述：

我使用mpi4py库用Python编写MPI程序。 Python生成并调用低级C代码。在MPI Python程序中寻找SegFault的一般建议

我刚刚得到了seg-fault，需要跟踪它。

如果我直接写C，我会编译并运行我的程序gdb，找到有问题的代码行，并从那里开始调试。

如果我是用Python写我仍然会用gdb（你可以调用gdb python filename.py和gdb将指向你C的那一行）

但可惜我使用MPI这是用Python这是使用C.我得到一个堆栈跟踪这样

[email protected]:~/workspace/ape$ mpiexec -np 3 -hostfile tmp/hostfile -rankfile tmp/rankfile python ape/codegen/run.py tmp/ 
[baconost:27370] *** Process received signal *** 
[baconost:27370] Signal: Segmentation fault (11) 
[baconost:27370] Signal code: Address not mapped (1) 
[baconost:27370] Failing at address: 0x8 
[baconost:27370] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0xfc60) [0x7fcd529c5c60] 
[baconost:27370] [ 1] /home/mrocklin/Software/openmpi/lib/libmpi.so.0(MPI_Comm_get_errhandler+0xa0) [0x7fcd46fae240] 
[baconost:27370] [ 2] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/python2.7/site-packages/mpi4py/MPI.so(+0x2ddbc) [0x7fcd47234dbc] 
[baconost:27370] [ 3] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/python2.7/site-packages/mpi4py/MPI.so(initMPI+0x1f2e) [0x7fcd4724f95e] 
[baconost:27370] [ 4] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(_PyImport_LoadDynamicModule+0xc2) [0x7fcd52cc2e02] 
[baconost:27370] [ 5] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(+0xecd90) [0x7fcd52cc0d90] 
[baconost:27370] [ 6] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(+0xed031) [0x7fcd52cc1031] 
[baconost:27370] [ 7] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyImport_ImportModuleLevel+0x2be) [0x7fcd52cc206e] 
[baconost:27370] [ 8] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(+0xd3fed) [0x7fcd52ca7fed] 
[baconost:27370] [ 9] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyObject_Call+0x68) [0x7fcd52c19d18] 
[baconost:27370] [10] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyEval_CallObjectWithKeywords+0x56) [0x7fcd52ca8516] 
[baconost:27370] [11] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyEval_EvalFrameEx+0x28b8) [0x7fcd52caba78] 
[baconost:27370] [12] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyEval_EvalCodeEx+0x8d2) [0x7fcd52cb0722] 
[baconost:27370] [13] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyEval_EvalCode+0x32) [0x7fcd52cb0772] 
[baconost:27370] [14] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyImport_ExecCodeModuleEx+0xc2) [0x7fcd52cbf6e2] 
[baconost:27370] [15] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(+0xebcae) [0x7fcd52cbfcae] 
[baconost:27370] [16] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(+0xecd90) [0x7fcd52cc0d90] 
[baconost:27370] [17] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(+0xed264) [0x7fcd52cc1264] 
[baconost:27370] [18] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyImport_ImportModuleLevel+0x118) [0x7fcd52cc1ec8] 
[baconost:27370] [19] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(+0xd3fed) [0x7fcd52ca7fed] 
[baconost:27370] [20] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyObject_Call+0x68) [0x7fcd52c19d18] 
[baconost:27370] [21] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyEval_CallObjectWithKeywords+0x56) [0x7fcd52ca8516] 
[baconost:27370] [22] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyEval_EvalFrameEx+0x28b8) [0x7fcd52caba78] 
[baconost:27370] [23] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyEval_EvalCodeEx+0x8d2) [0x7fcd52cb0722] 
[baconost:27370] [24] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyEval_EvalCode+0x32) [0x7fcd52cb0772] 
[baconost:27370] [25] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(PyImport_ExecCodeModuleEx+0xc2) [0x7fcd52cbf6e2] 
[baconost:27370] [26] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(+0xebcae) [0x7fcd52cbfcae] 
[baconost:27370] [27] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(+0xed58d) [0x7fcd52cc158d] 
[baconost:27370] [28] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(+0xecd90) [0x7fcd52cc0d90] 
[baconost:27370] [29] /home/mrocklin/Software/epd-7.2-1-rh5-x86_64/lib/libpython2.7.so.1.0(+0xed264) [0x7fcd52cc1264] 
[baconost:27370] *** End of error message *** 
-------------------------------------------------------------------------- 
mpiexec noticed that process rank 0 with PID 27370 on node baconost.cs.uchicago.edu exited on signal 11 (Segmentation fault). 
--------------------------------------------------------------------------

两个问题：

  1. 在什么得不最好的办法一般情况下在检测到一个错误后，使用这个软件堆栈（我想避免“应该通过测试来防止错误而不是诊断它们”的评论。我同意这一点，但尽管我们尽了最大努力，有时段错误发生）

  2. 在这种特定的情况下，这是指向我的MPI/mpi4py问题？最后几行表明也许是这种情况。

答

这个特定错误的问题是，旧版本的openmpi的不处理rankfiles很好。此错误已被报告，并且从1.6.2开始似乎是固定的。显然，这部分代码很少使用和未经测试。

答

首先，当您使用不同的模块/产品时，可能会出现版本不匹配的情况。检查您使用的是Python/MPI/mpi4y的正确版本组合。

检查过这一切，几乎所有你能做的就是：

  1. 假设它是你的代码引起的问题 - 一般是一个很好的起点。
  2. 尝试将案例隔离到几个导致SEGV的简单陈述。我知道，这是困难的部分。
  3. 如果您的代码中的错误不明显，那么询问关于您的代码的具体问题。
  4. 如果一切都失败了，那么也许这是其他地方的错误。
+0

我已验证所有系统上的Python/MPI/mpi4py版本是相同的。 – MRocklin

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