使用rpy2与内联rmagic与jupyter笔记本

问题描述：

我想用内联rmagic与jupyter笔记本，但有一个非常困难的时间试图让它工作。使用rpy2与内联rmagic与jupyter笔记本

每当我尝试加载%load_ext rpy2.ipython，我得到以下错误：

ImportError: dlopen(/Users/MyName/anaconda/lib/python2.7/site 
    packages/rpy2/rinterface/_rinterface.so, 2): Library not loaded: liblzma.5.dylib 
    Referenced from: /Users/MyName/anaconda/lib/python2.7/site- 
    packages/rpy2/rinterface/_rinterface.so 
    Reason: image not found

我试图与pip安装它，试图与conda install -c r rpy2安装。

在这旁边rpy2问题，我是能够设立研发和Jupyter笔记本电脑，这样我可以创造有R一个新的笔记本，因此它似乎并不为R/Jupyter通信问题。

我运行：

OS X (El Capitan) 
Python 2.7.12 :: Anaconda 4.1.1 (x86_64) 
R version 3.3.1 (2016-06-21) (located as in /Users/myName/anaconda/bin) 
rpy2 2.8.3 (located in /Users/myName/anaconda/lib/python2.7/site-packages/)

有没有什么办法让rpy2与Jupyter笔记本电脑，这些天的工作？

答

我能得到这个重新安装蟒蛇，并通过畅达安装rpy2工作：

conda install rpy2

这将安装R和大量依赖的蟒蛇。使用此R而不是系统R。该PATH应安装蟒蛇后会自动更新，但为了以防万一，一定要在前面加上水蟒：

setenv PATH /Users/myName/anaconda2/bin:$PATH

它关键是rpy2能够找到Renviron文件，应蟒蛇内新装。我发现我的位置（我只是用搜索聚光灯它）：

/Users/myName/anaconda2/lib/R/

，然后我发到R_HOME变量rpy2需要找到Renviron。我还指定了用户名：

setenv R_HOME /Users/myName/anaconda2/lib/R/ 
setenv R_USER myName

（注意：which R将返回/Users/myName/anaconda2/bin/R/，但这不是R_HOME这绊倒了我的年龄）。

答

这看起来像conda问题给我（lzma目前在建设时间，但在运行时失踪）。

Is there any way to get rpy2 to work with Jupyter notebook these days?

可能不止一种方法来实现它，但是在头版（http://rpy2.bitbucket.org/）中提到的泊坞窗容器让所有拼在一起一步到位。

使用rpy2与内联rmagic与jupyter笔记本

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