迭代字典

Question

在下面的代码中，我试图循环变量“Genome”，其中包含一段遗传密码。我正在初始化一个存储在变量“skew”中的数组，这个变量保持了遗传字母的运行得分。例如，每次遇到“C”时，我想让skew [i]等于skew [i-1] -1，并且每次遇到“G”时，我希望skew [i]等于skew [i-1] +1。所以我基本上保留了一段遗传密码中G与C比值的分数。当我运行下面的代码时，我得到“Keyerror：23”。我知道当Python无法访问一个字典项时Python会抛出一个keyerror，但我不知道如何修复我的代码。请帮忙！！

def skew(Genome): 
    skew = {} 
    n = len(Genome) 
    skew[0] = 0 
    for i in range(0,n): 
     #skew[i] = skew[i-1] 
     if Genome[i] == "G": 
      for j in (1,n): 
       skew[j] = skew[j-1]+1 
     elif Genome[i] == "C": 
      for j in (1,n): 
       skew[j] = skew[j-1]-1 
     else: 
      for j in (1,n): 
       skew[j]=skew[j-1] 
    return skew 


Genome="CCGTTCTTCGCTCTAGTTACAGCG" 


print skew(Genome) 

Answer 1

你应该改变skew = {}为skew = []初始化列表，而不是一本字典。

并确保所有skew[j]不访问列表中进行边界的，你可以初始化skew像

skew = [0] * n 

Answer 2

for j in (1,n)：你缺少range。所以j马上取值24，你的代码中断（j-1 = 23还没有在字典中）。更改为for j in range(1,n)。

Answer 3

这是一个简单的解决方案。我认为计算其他字母对的偏斜很有用，所以我也加了这个。

delta是发电机表达式确定的变化（+ 1，-1，0）。 accumulate生成三角洲的运行总和。

import itertools as it 

def skew(Genome, plus="G", minus="C"): 
    delta = (1 if c == plus else -1 if c == minus else 0 for c in Genome) 
    return list(it.accumulate(delta)) 

skew(Genmome) 

返回

[-1, -2, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -3, -2, -3, -3, -4, -4, -4, -3, -3, -3, -3, 4, -4, -3, -4, -3] 

编辑 一种等效的Python 2.7溶液：

def skew(Genome, plus="G", minus="C"): 
    delta = [1 if c == plus else -1 if c == minus else 0 for c in Genome] 
    for i in range(1, len(delta)): 
     delta[i] += delta[i-1] 
    return delta