R（spatstat）：内置函数不符合期望限制

问题描述：

所以我遇到的问题是非常基本的，但我似乎无法解决它。我一直在使用spatstat的F，G，J，K和L函数，我想在同一个绘图上为一个点过程绘制F函数，作为不同点过程的F函数。这很容易，除了我的一个点进程评估函数r = 20，另一个r = 15（'r'是x轴上的独立变量）。我希望他们都被评估为相同的r值，最好20.我该怎么做？本质上，这是问题所在。R（spatstat）：内置函数不符合期望限制

首先，我创建一个包含函数的值的数据帧：

mydata.Fest <- Fest(mydata)

然后，出于某种原因，这行代码：

plot(mydata.Fest)

的值不一样“R”（自变量）的值作为这行代码：

plot(mydata.Fest, xlim=c(0,20), ylim=c(0,0.8))

两个图从XLIM = C去（0,20）和ylim = c（0,0.8），但由于某种原因，第二个停止在x = 15处计算函数。考虑到它们是从同一个对象绘制的，我还没有弄清楚它们为什么不生成相同的对象情节。作为一个说明，我一直有另一个问题：使用F，J和K函数时，我发现调整限制（尤其是独立变量的限制）会导致R意外崩溃。如果您遇到此问题或知道解决方案，请告诉我。

谢谢！

答

这是一个常见问题解答。它在spatstat.org常见问题页面上进行了讨论。

spatstat中的摘要函数（如Fest和Kest）对独立变量具有“推荐范围”，该范围可能比计算该函数的值的范围更短。建议的范围是功能估计在统计上可靠的范围。默认情况下，该功能仅绘制为建议的限制。（这是空间统计的标准做法，如果我们没有这样做，那么大多数情节会显得很奇怪，因为函数值爆炸了，可靠的信息将被缩小，占据了左下角的一小部分）

要检查r的可用范围和推荐范围，请打印函数对象（只需键入其名称）并查看最后几行输出。

要控制绘图限制，请使用xlim和ylim。

有关详细信息，请参阅车间笔记www.csiro.au/resources/pf16h.html

阿德里安·巴德利 - 包作者

答

嗯，这有点奇怪。对不起，没有答案，但认为通过留下您描述的行为的可重复的例子，最好让其他人进行调查。

我过去所做的是制作一个一致的箱子矢量来评估单独的点模式。

library(spatstat) 
data(lansing) 

mydata1 <- lansing[lansing$marks == "blackoak",] 
mydata2 <- lansing[lansing$marks == "hickory",] 

my_r <- (0:40*.002) 

mydata1.Fest2 <- Fest(mydata1, r = my_r) 
mydata2.Fest2 <- Fest(mydata2, r = my_r) 

plot(mydata1.Fest2) 
plot(mydata2.Fest2, add = TRUE) 

mydata1.Fest2$r 
mydata2.Fest2$r

正如人们可以看到的那样，距离单元是相同的，但是函数并没有在同一个集合上进行评估。我检查过，这可能是Fest特有的行为，当我使用Kest时，我能够得到预期的解决方案。下面的例子。

mydata1.Kest <- Kest(mydata1) 
my_k <- mydata1.Kest$r 
mydata2.Kest <- Kest(mydata2, r = my_k) 

plot(mydata1.Kest) 
plot(mydata2.Kest, add = TRUE)

我承担Fest这不是预期的行为，但我不那么熟悉的技术，它是如何从Ripley的K个不同的，所以我肯定会被误认为并预计由于某种原因行为我不知道。我也遇到了类似于您在尝试设置输出设备上的轴限制时描述的意外崩溃，但我无法再现它。所以，也许你正在做某件事，或者我们都疯了！

感谢您的输入，安迪。我一直在进行更多的功能实验，不管方向如何，都会出现问题。我目前不知道如何解决这个问题来解决它。 – MikeZ

@MikeZ，这可能是一个错误，我会向r-sig-geo组发送一条消息，看看他们能否提供更好的帮助。只要确保按照我在这里所做的操作，使该示例具有可重现性，并在您解决问题时进行更新。 –

答

我联系了Adrian Baddeley博士（'spatstat'的创建者）关于这个问题，他告诉我这个例子在add = TRUE时演示了plot.fv中的一个bug。这将在spatstat版本1.28-1中修复。

R（spatstat）：内置函数不符合期望限制

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