您的位置: 首页  >  技术问答  >  如何Matlab的MEX编译

如何Matlab的MEX编译

分类: 技术问答 • 2022-04-21 20:21:49

如何Matlab的MEX编译

问题描述：

我已经写了以下形式的节目中链接：如何Matlab的MEX编译

#include "stuff_I_need.h" 

int main(){ 

construct_array(); // uses OpenMP pragma's 
print_array(); 

return(0); 


}

，编译，链接，并使用以下命令可以正常运行：

`gcc44 -I/home/matteson/sundials/include/ main.c -lm -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -fopenmp -o /home/matteson/MPI_test/CVODE_test/main_test`

“gcc44 “仅仅是gcc版本4.4，并且是这样命名的，因为它正在一个集群上进行编译，该集群维护多个版本的gcc。库sundials_cvode和sundials_nvecserial用于数组构造过程中的几个微分方程的求解。

现在，当我要转移到Matlab和尝试编译形式的MEX文件：

#include "stuff_I_need.h" 

void mexFunction(int nlhs,mxArray* plhs[], int nrhs, const mxArray* prhs[]){ 

construct_array(); // uses OpenMP pragma's 
print_array(); 

}

，并尝试在Matlab以下命令编译：

>> mex -v CC="gcc44" CFLAGS="\$CFLAGS -I/home/matteson/sundials/include/ -fopenmp" LDFLAGS="\$LDFLAGS -fopenmp -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial" mex_cvode.c

我得到以下消息，最终出现链接错误：

-> mexopts.sh sourced from directory (DIR = $HOME/.matlab/$REL_VERSION) 
    FILE = /home/matteson/.matlab/R2010b/mexopts.sh 
---------------------------------------------------------------- 
-> MATLAB    = /misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b 
-> CC     = gcc44 
-> CC flags: 
     CFLAGS    = -ansi -D_GNU_SOURCE -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_nvecserial 
     CDEBUGFLAGS  = -g 
     COPTIMFLAGS  = -O -DNDEBUG 
     CLIBS    = -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++ 
     arguments   = -DMX_COMPAT_32 
-> CXX     = g++ 
-> CXX flags: 
     CXXFLAGS   = -ansi -D_GNU_SOURCE -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread 
     CXXDEBUGFLAGS  = -g 
     CXXOPTIMFLAGS  = -O -DNDEBUG 
     CXXLIBS   = -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm 
     arguments   = -DMX_COMPAT_32 
-> FC     = g95 
-> FC flags: 
     FFLAGS    = -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer 
     FDEBUGFLAGS  = -g 
     FOPTIMFLAGS  = -O 
     FLIBS    = -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm 
     arguments   = -DMX_COMPAT_32 
-> LD     = gcc44 
-> Link flags: 
     LDFLAGS   = -pthread -shared -Wl,--version-script,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -fopenmpofopenmp 
     LDDEBUGFLAGS  = -g 
     LDOPTIMFLAGS  = -O 
     LDEXTENSION  = .mexa64 
     arguments   = 
-> LDCXX     = 
-> Link flags: 
     LDCXXFLAGS   = 
     LDCXXDEBUGFLAGS = 
     LDCXXOPTIMFLAGS = 
     LDCXXEXTENSION  = 
     arguments   = 
---------------------------------------------------------------- 


Warning: You are using gcc version "4.4.4". The version 
     currently supported with MEX is "4.3.4". 
     For a list of currently supported compilers see: 
     http://www.mathworks.com/support/compilers/current_release/ 

-> gcc44 -c -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/include -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/simulink/include -DMATLAB_MEX_FILE -ansi -D_GNU_SOURCE -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_nvecserial -DMX_COMPAT_32 -O -DNDEBUG "mex_cvode.c" 

-> gcc44 -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -fopenmpofopenmp -o "mex_cvode.mexa64" mex_cvode.o -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++ 

mex_cvode.o: In function `mexFunction': 
mex_cvode.c:(.text+0x2b2): undefined reference to `N_VNew_Serial' 
mex_cvode.c:(.text+0x2db): undefined reference to `N_VNew_Serial' 
mex_cvode.c:(.text+0x35b): undefined reference to `CVodeCreate' 
mex_cvode.c:(.text+0x39c): undefined reference to `CVodeInit' 
mex_cvode.c:(.text+0x3dd): undefined reference to `CVodeSVtolerances' 
mex_cvode.c:(.text+0x412): undefined reference to `CVodeSetUserData' 
mex_cvode.c:(.text+0x449): undefined reference to `CVDense' 
mex_cvode.c:(.text+0x482): undefined reference to `CVDlsSetDenseJacFn' 
mex_cvode.c:(.text+0x50c): undefined reference to `CVode' 
mex_cvode.c:(.text+0x5b4): undefined reference to `N_VDestroy_Serial' 
mex_cvode.c:(.text+0x5c0): undefined reference to `N_VDestroy_Serial' 
mex_cvode.c:(.text+0x5cc): undefined reference to `CVodeFree' 
collect2: ld returned 1 exit status 

    mex: link of ' "mex_cvode.mexa64"' failed. 

??? Error using ==> mex at 208 
Unable to complete successfully.

不知何故，我没有给出correc t标志适当链接。当我得到相同的一组错误（再加上几个），如果我删除命令链接到gcc44命令，我敢肯定，我没有让编译器“看到”库。

我的问题是：

  • 如果我的错误的分析是正确的，我需要什么样的标志传递给MEX编译命令成功链接？
  • 另外，什么是海湾合作委员会的标志来编译和链接外部的Matlab环境编译.mex64可执行文件？
  • 如果我的分析错了，该从哪里下去？

我想我已经排除了不支持的编译器警告，因为我已经能够编写简单MEX使用GCC 4.4 OpenMP程序，但这些并没有除了数学库反对任何链接。另外，如果我使用带有或不带“-fopenmp”标志的gcc版本4.1.2或4.3.4进行编译，我会得到相同的错误。

最终，我确实需要版本4.4，因为某些OpenMP支持并未出现在先前版本中。

在此先感谢您的帮助。

--Andrew

编辑：（@KWATFORD）

所以，我试图命令与引号外的陈述，并得到了错误：

-> gcc44 -c -I/home/matteson/sundials/include/ -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/include -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/simulink/include -DMATLAB_MEX_FILE -ansi -D_GNU_SOURCE -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread -fopenmp -DMX_COMPAT_32 -O -DNDEBUG "mex_cvode.c" 

-> gcc44 -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -fopenmp -o "mex_cvode.mexa64" mex_cvode.o -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++ 

/usr/bin/ld: /home/matteson/sundials/lib/libsundials_cvode.a(cvode.o): relocation R_X86_64_32 against `a local symbol' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC 
/home/matteson/sundials/lib/libsundials_cvode.a: could not read symbols: Bad value 
collect2: ld returned 1 exit status 

    mex: link of ' "mex_cvode.mexa64"' failed. 

??? Error using ==> mex at 208 
Unable to complete successfully.

我是有点困惑与“-fPIC”重新编译的建议，因为当我看着gcc44命令，我看到-fPIC作为一个选项。

他们说是用-fPIC重新编译库吗？

我没有库的来源，如果建议是重新编译库有没有解决方法？

“针对本地对象的重定位”是什么意思？

我继续致谢。

答

请勿尝试将-l,-L或-I参数放入这些环境变量中。 mex函数将直接处理这些类型的参数。因此，可能是这样的：

mex -v CC="gcc44" CFLAGS="\$CFLAGS -fopenmp" LDFLAGS="\$LDFLAGS -fopenmp" -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial mex_cvode.c
+1

我试过命令，并得到了一个不同的错误（不知道这是否进展）。我编辑了这个问题来显示新问题。谢谢你的帮助。 – Sevenless 2011-02-07 20:41:45

答

Matlab使用自己的libstdc和libstdC++。

快捷方式是将这些库的符号链接到您要使用的gcc44库。

但这可能不是所需的方法。您可以尝试编译外部matlab提示，并查看它是否仍然首先编译失败。

答

Kwatford让我在第二个问题的正确轨道上。通过使用共享库重建日sol求解器，我能够获得mex命令。具体来说，我建有：

% make distclean 
% ./configure --prefix=/home/matteson/sundials --enable-shared 
% make 
% make install

此外，由于通过调用kwatford用于修复到原来的：

mex -v CC="gcc44" CFLAGS="\$CFLAGS -fopenmp" LDFLAGS="\$LDFLAGS -fopenmp" -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial mex_cvode.c

因为MEX知道如何处理-L和-I。

相关推荐