使用igraph在R中绘制多个离散网络

问题描述：

我有一组简单的方向关系（父 - >子），我想绘制。我的数据的结构使得有许多分立的子网络。这里有一些看起来像我的假数据。使用igraph在R中绘制多个离散网络

require(igraph) 
parents<-c("A","A","C","C","F","F","H","I") 
children<-c("B","C","D","E","G","H","I","J") 
begats<-data.frame(parents=parents,children=children) 
graph_begats<-graph.data.frame(begats) 
plot(graph_begats)

假数据中有两个截然不同的子网络，每个子网络严格来说都是父母 - 子女的谱系。我需要在同一个窗口中绘制两个谱系作为树形网络（理想情况下是相同的顶点坐标系）。我尝试过使用layout.reingold.tilford（），但我最多只能绘制其中一棵树，所有其他顶点都绘制在根顶点顶部，就像这样。

lo<-layout.reingold.tilford(graph_begats,root=1) 
plot(graph_begats,layout=lo)

对任意数量的离散谱系进行此操作的任何想法？

如果我能想出如何A）计算离散谱系的数量在数据集中，和B）分配给每个顶点到其谱系，我会的方式到75％解决我的问题。 – 2013-03-21 23:16:33

使用'clusters（）'或'decompose.graph（）'分开网络，然后分别计算每个网格的布局，然后通过移动其中一个布局矩阵来合并它们。 – 2013-03-22 01:09:44

是的！ 'decompose.graph（）'是我需要的。仍然在矩阵转换工作，但我到了那里。 – 2013-03-22 14:15:13

答

所以，正如我在上面的评论中提到的，一种解决方案是分别为每个组件计算布局。这很简单，即使需要一些代码才能正确执行。以下代码适用于任意数量的组件。拓扑排序中的第一个顶点用作每个树的根节点。

require(igraph) 

## Some data 
parents <- c("A", "A", "C", "C", "F", "F", "H", "I") 
children <- c("B", "C", "D", "E", "G", "H", "I", "J") 
begats <- data.frame(parents=parents, children=children) 
graph_begats <- graph.data.frame(begats) 

## Decompose the graph, individual layouts 
comp <- decompose.graph(graph_begats) 
roots <- sapply(lapply(comp, topological.sort), head, n=1) 
coords <- mapply(FUN=layout.reingold.tilford, comp, 
       root=roots, SIMPLIFY=FALSE) 

## Put the graphs side by side, roots on the top 
width <- sapply(coords, function(x) { r <- range(x[, 1]); r[2] - r[1] }) 
gap <- 0.5 
shift <- c(0, cumsum(width[-length(width)] + gap)) 
ncoords <- mapply(FUN=function(mat, shift) { 
    mat[,1] <- mat[,1] - min(mat[,1]) + shift 
    mat[,2] <- mat[,2] - max(mat[,2]) 
    mat 
}, coords, shift, SIMPLIFY=FALSE) 

## Put together the coordinates for the original graph, 
## based on the names of the vertices 
lay <- matrix(0, ncol=2, nrow=vcount(graph_begats)) 
for (i in seq_along(comp)) { 
    lay[match(V(comp[[i]])$name, V(graph_begats)$name),] <- ncoords[[i]] 
} 

## Plot everything 
par(mar=c(0,0,0,0)) 
plot(graph_begats, layout=lay)

plot

非常感谢，Gabor。这就是它！ – 2013-03-23 13:12:17

使用igraph在R中绘制多个离散网络

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