尝试使用Gviz的IdeogramTrack时出现内部服务器错误
问题描述：
我在Bioconductor的支持页上发布了此消息，但没有任何答案，因此在此处尝试。尝试使用Gviz的IdeogramTrack时出现内部服务器错误
我使用R/Biocondutor包，Gviz的IdeogramTrack功能，从我的机构的集群：
IdeogramTrack(genome="mm10",chromosome="chr1")
当我尝试这个从主节点，它工作正常，但是当我尝试这从任何其他节点IO的通过主节点，它挂起它，最终我得到的错误消息在集群中：
Error: Internal Server Error
我能够通过这些节点访问enter link description here或任何其他UCSC镜（使用traceroute http://genome.ucsc.edu），并且可以成功地从其他存储库下载数据，例如Ensembl（例如，使用getBM）。
任何想法有什么不对？
顺便说一句，任何想法哪个端口是IdeogramTrack试图使用？
答
听起来你的机构的集群有问题从UCSC通过Gviz获取注释数据。我的一个建议是看你是否可以从UCSC手动下载mm9注释; here is a good place to start, by chromosome。或者，您可以使用Bioconductor注释包，例如this。
当你有染色体和染色体信息（例如mapInfo）你data.frame，你可以采取的GenomicRanges::makeGRangesFromDataFrame优势，以MM9注释转换为GRANGES对象，它可以让你制作自己的IdeogramTrack对象。有关如何定制IdeogramTrack的详细信息，请参阅here。
一般来说，这里是工作流程：
library(GenomicRanges)
library(Gviz)
mm9_annot <- read.table(<file or url with annotation>)
mm9_granges <- makeGRangesFromDataFrame(mm9_annot)
# Alternatively, you may use rtracklayer package
# mm9_granges <- rtracklayer::import(<file or url with annotation>)
my_ideo <- IdeogramTrack(genome="mm9_custom", bands=mm9_granges)
希望这有助于。