导出Cytoscape边缘表格

Question

我对Cytoscape非常陌生，感觉像是一个易于解决的问题。我使用Cytoscape的拖放功能来构建网络（我基本上是将昆虫踪迹网络的照片翻译成Cytoscape表示 - 这使得构建网络变得更容易）。问题是我需要将Cytoscape的边缘表格导出到R中进行进一步分析。 Cytoscape的出口有看起来像这样的列的.csv文件：

“节点5（非定向）节点2” < - 所有在一列

我需要的是无论是.csv文件包含要么是一个邻接矩阵，要么是一个边缘列表（其中边被表示为节点对，每个节点位于其自己的列中）。是否有捷径可寻？先谢谢你！

Answer 1

有几种解决方案：

的http://apps.cytoscape.org/apps/adjexporter允许您将网络导出为adjecency矩阵

您可以直接与R使用CyREST接口连接到Cytoscape中：http://apps.cytoscape.org/apps/cyrest

可以代替所有（无向）条款

希望这会有所帮助， Piet