postgresql(psql) windows安装+ MIMIC III 下载+导入数据库

本文参考了shuaban的视频
先总结步骤如下:

先在psql官网下载数据库安装包

postgresql(psql) windows安装+ MIMIC III 下载+导入数据库
postgresql(psql) windows安装+ MIMIC III 下载+导入数据库

根据大家反馈导入数据其他版本有问题,最好下载9.6版本
postgresql(psql) windows安装+ MIMIC III 下载+导入数据库

安装:下载之后一般安装就行

安装过程值得注意的三点:

① 设置数据库软件的安装位置

②设置database文件夹的位置。这个应该是数据的存储位置,尽量选一个大点的硬盘

③自己输入的密码需要牢记,登录需要

导入数据库

MIMIC III 数据集的下载

首先需要下载MIMIC III数据集。这个需要完成一定的要求。一个可以跳过这个麻烦的步骤的网址MIMIC III 非官方下载地址 免课程

MIMIC III数据库导入

这一步需要下载一些sql文件,位置在导入mimic所需要的sql文件下载地址

打开SQL shell

postgresql(psql) windows安装+ MIMIC III 下载+导入数据库
前三步enter跳过,第四步输入安装时设置的口令,口令是不可见的,回车
postgresql(psql) windows安装+ MIMIC III 下载+导入数据库

然后按照官方指导,依次运行以下指令:

MIMIC III官方指导数据库导入
①如果已经存在mimic数据库,删掉:
DROP DATABASE IF EXISTS mimic;
② 创建自己的mimic数据库
CREATE DATABASE mimic OWNER postgres;
③和刚刚创建的mimic数据库建立连接
\c mimic;
④创建一个模式,我也不知道具体干啥用,照做就行
CREATE SCHEMA mimiciii;
⑤ 照做
set search_path to mimiciii;

\i D:/work/mimic-code/buildmimic/postgres/postgres_create_tables.sql
后面这个地址是你再进行这一步时下载的sql文件的地址,比如,我下载解压后放在了,所使用的文件在 buildmimic->postgres下
postgresql(psql) windows安装+ MIMIC III 下载+导入数据库
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postgresql(psql) windows安装+ MIMIC III 下载+导入数据库

要使用的文件如下:
postgresql(psql) windows安装+ MIMIC III 下载+导入数据库

所以我的命令是:

\i E:/ICU_project/mimic-code-master/buildmimic/postgres/postgres_create_tables.sql

⑦ 创建好了表之后,设置出错处理,照做
\set ON_ERROR_STOP 1
⑧ set mimic_data_dir ‘D:/mimic/v1_4’
后面D盘的路径是你自己刚才下载的mimic iii数据集的放置位置,下载的是压缩文件,这里的路径一定是要解压过的,别问我怎么知道的,问就是泪

postgresql(psql) windows安装+ MIMIC III 下载+导入数据库
比如我的命令行:
== 路径一定要写斜杠而不是反斜杠,视频里直接拖住文件到cmd窗口的,那个形式是反斜杠,会出错==
set mimic_data_dir ‘E:/ICU_project/MIMIC-III Clinical Database 1.4’

⑧使用刚才下载的sql文件载入mimic
\i D:/work/mimic-code/buildmimic/postgres/postgres_load_data_7zip.sql

我使用的:
\i E:/ICU_project/mimic-code-master/buildmimic/postgres/postgres_load_data_gz.sql